Но началась Крымская война, и Шлиману пришлось отложить поездку. Он опять занялся торговыми делами. После заключения мирного договора между Россией, Англией и Францией Шлиман вновь вернулся к мысли о раскопках на побережье Эгейского моря. Но он не хотел прийти на троянскую землю неподготовленным к встрече с миром Гомера. Со свойственной ему настойчивостью Шлиман засел за изучение древнегреческого языка. Через три месяца он уже свободно читал Гомера на древнегреческом языке, а спустя некоторое время знал весь греческий текст «Илиады» наизусть. Ему казалось, что он с закрытыми глазами смог бы пройти по троянской земле и узнал бы каждый камень, бывший частью стен или башен Трои. Шлиман безоговорочно верил Гомеру, что казалось нелепым серьезным ученым того времени. Они полагали, что в основе гомеровских поэм лежат древние сказки и мифы, а потому сама мысль о поисках Трои представлялась им столь же нелепой, как попытка найти тридевятое царство или замок спящей красавицы. Но Шлиман твердо верил в свою мечту.
В 1871 г. Шлиман прибыл в Дарданеллы — захолустный городок на берегу пролива, носящего то же название. Наняв лошадь, Шлиман с огромным волнением направился к деревушке Гиссарлык, где некогда, по преданию, на холме стояла твердыня троянцев — богатый, обнесенный крепкими стенами город Троя. С трепетом ехал Шлиман по древней Троаде. Кругом были невысокие холмы, покрытые скудной растительностью, болотца, заросшие осокой, масса квакающих в них лягушек и аисты, охотящиеся за ними. Но для Шлимана каждый ручей был священным — из него пили кони древних героев; каждый холм был свидетелем подвигов славных воинов у стен могучей Трои. Образы гомеровской поэмы звали Шлимана к открытиям.
С большим трудом удалось Шлиману получить от турецкого правительства разрешение на раскопки. Ему позволили копать Гиссарлыкский холм с условием, что половина всех найденных вещей будет принадлежать Турции.
Шлиману не терпелось начать раскопки, чтобы скорее раскрыть стены древней Трои и показать всему миру, что Гомер говорил правду. Вместе со Шлиманом на раскопки приехала его жена — гречанка София.
Начались раскопки. Их надо было вести осторожно, строго соблюдая определенные правила. Ведь так легко перемешать древние слои почвы и затруднить решение вопроса, к какому времени относятся найденные вещи. Но Шлиман не был специалистом-археологом. Он искал гомеровскую Трою. Шлиман считал, что гомеровская Троя должна находиться в глубоких слоях. Поэтому на обнаруженные остатки домов, черепки сосудов, кости Шлиман не обращал никакого внимания. Это не Троя, решил он, нет следов пожара. Первый год раскопок кончился неудачей.
В марте 1872 г. Шлиман с женой были опять на Гиссарлыке. Запутавшийся в сложных переплетениях стен и фундаментов, раскрытых на холме, Шлиман задумал перерезать весь холм поперек, с севера на юг, огромным рвом шириной в семьдесят и глубиной в восемнадцать метров. Таким образом он хотел сразу раскрыть мощные стены гомеровской Трои и обнаружить священный город во всем его величии. Рытье траншеи требовало большого количества рабочих рук и много времени. Наконец, рабочие наткнулись на могучую стену. На этот раз Шлиман решил не разрушать ее. Каково же было его удивление, когда вслед за первой стеной были отрыты остатки стены такой же длины и ширины. Шлиман принял вторую стену за Большую башню гомеровской поэмы. С этой башни, думал Шлиман, старец Приам с тревогой следил за битвой славного Гектора с бесстрашным Ахиллом. Мощность стен убеждала Шлимана в том, что он прав.
Наступила зима, и раскопки были прекращены. Но уже в феврале следующего года Шлиман в сопровождении жены вновь появился на Гиссарлыке. Они вставали в шесть часов утра. Было холодно, дул яростный ветер. Замерзала вода в умывальнике, замерзали чернила. Однажды измученная холодом жена Шлимана оставила на ночь топящуюся печку. От выпавших углей загорелся пол, вся комната наполнилась дымом. К счастью, Шлиман вовремя проснулся, и пожар был потушен.
Через несколько дней рабочие отрыли стены, носившие следы страшного пожара. Это могло служить уже серьезным доказательством того, что Шлиман открыл действительно Трою. Шлиман забыл о сне и о еде. Он увеличил число рабочих и стал копать сразу в нескольких местах. В слое, носившем следы пожарища, была отрыта большая дорога, выложенная гладкими каменными плитами. На плитах были видны колеи, выбитые колесами, катившимися по ним десятки столетий тому назад. Дорога привела к мощным двойным воротам, находящимся в стене возле Большой башни. Ну, конечно, это Скейские ворота, главные в Трое, отсюда троянские воины выходили на поле битвы!