Вход расположен на уровне земли на северной стороне. Есть следы небольшой молельни для приношений, которая находилась напротив входа, однако на поздней стадии постройки она была разобрана и отделочные камни из ее стен использованы вновь. По своей внутренней структуре пирамида очень напоминает пирамиду Пепи I. Все коридоры и камеры пирамиды были вырублены в природных скалах плато. Коридор длиной 16 метров спускается под углом 25°. Примерно посредине коридора расположена порткулиса, гранитные пазы которой все еще находятся на месте, хотя сам камень был перемещен. В вестибюле в конце коридора потолок украшен звездами, на стенах написаны отрывки из Текстов пирамид. В нем находятся остатки алебастровых кувшинов, а также золотой предмет, который мог быть использован в одной из заупокойных церемоний. За вестибюлем – горизонтальный проход длиной около 38 метров. Он был заблокирован тремя гранитными порткулисами и кончался прихожей. Заостренная крыша прихожей украшена звездами, на стенах начертаны Тексты пирамид, которые, к несчастью, сохранились не так хорошо, как в остальной пирамиде.
Из западного конца прихожей короткий проход ведет в большую, очень красивую погребальную камеру. И в ней была украшенная звездами заостренная крыша и стены с Текстами пирамид (не считая тех стен, что окружают саркофаг). На западном конце комнаты – великолепный саркофаг из отполированного черного гранита, на одной стороне которого – надпись с титулами и именем фараона. Окружающие стены декорированы в стиле «фасада дворца». Здесь была найдена также крышка ящика с канопами.
Нужно упомянуть еще об одной интересной особенности этой пирамиды. Вдобавок к обычной стене теменоса, окружавшей двор и внутреннюю часть заупокойного храма, была и высокая, толстая стена, опоясывавшая саму пирамиду, она прерывалась только заупокойным храмом на востоке. Мы видим, что мысль об этой стене пришла в голову строителям в последний момент, она не была частью первоначального плана, поскольку прилегала к нижним слоям облицовки пирамиды, и строителям пришлось разобрать северную молельню для приношений, чтобы освободить для нее место. Предполагается, что стена была построена, чтобы добавить пирамиде устойчивости, поскольку считается, что пирамида была расшатана землетрясением.
С комплексом пирамиды Пепи II объединены пирамиды трех его цариц-супруг – Нейт, Ипут II и Уджебтен, – первые две к северу от пирамиды фараона, последняя – к югу от нее. Они весьма схожи по конструкции, и внутри их всех были Тексты пирамид. Мы расскажем о лучше всего сохранившемся образце – пирамиде царицы Нейт.
Комплекс пирамиды царицы Нейт лежит прямо напротив северо-западного угла пирамиды Пепи II и окружен прямоугольной стеной теменоса. К главному входу, расположенному в восточном углу южной стены теменоса, ведет узкий проход между этой стеной и северным теме-носом комплекса Пепи II.
Стены вестибюля заупокойного храма Нейт были украшены рельефами; на тех, что дошли до нас, изображено несколько тронных помостов, украшенных львами. За вестибюлем, на севере – зал с колоннадой и портиком, идущим вдоль южной, западной и северной сторон. Его поддерживали девять квадратных колонн из известняка, три из которых все еще стоят на месте. На севере – пять кладовых, за ними – дверь во внутренний храм. Здесь за прямоугольной комнатой-молельней располагаются три ниши. За ними – узкая комната без дверей, которая, несомненно, служила комнатой для статуй.
К югу от ниш расположена молельня. Ее западная стена когда-то была занята большой ложной дверью, перед которой стоял большой стол для приношений, возможно, из алебастра. Он исчез, однако остались три монолитные ступени, которые вели к нему, а также большая каменная скамья, обрамленная карнизом в виде выкружки. Она служила чем-то вроде бокового столика, с которого совершавший церемонию жрец мог по одному брать приношения и класть их на основной стол, проводя обряды заупокойного культа. К югу от святилища – еще одна комната, дверь которой ведет во двор пирамиды царицы и во двор ее вспомогательной пирамиды. Вспомогательная пирамида (со стороной 5,25 метра) находится в хорошем состоянии, на ней сохранилось значительное количество первоначальной облицовки. На северной стороне открывается очень узкий идущий вниз коридор. В мусоре, покрывающем пол вспомогательной пирамиды, были найдены керамические сосуды, а также фрагменты алебастра, на которых были написаны жертвенные формулы и имя царицы Нейт. Археологи обнаружили множество деревянных моделей ладей в пространстве между вспомогательной и главной пирамидами царицы.