Сначала двинулся большой флот вдоль северного берега моря. У мыса Афонской горы он потерпел в бурю крушение, причем погибло много людей. Тогда персы проехали поперек моря и высадились в Аттике у Марафона; с ними был тиран Гиппий, которого они хотели вернуть в Афины. Но в горной местности они не могли пустить в ход свою конницу; афинские ратники в бронях, под начальством Мильтиада, ушедшего с персидской службы, расстроили их пехоту и отбросили персов на корабли (490 г.).
Хотя Дарий скоро после этого умер, но было ясно, что персы не оставят своего намерения. В Афинах Фемистокл предложил народу отдавать весь доход с серебряных рудников на постройку военных кораблей, так как главная оборона будет на море.
Жрецы храма в Дельфах, подававшие грекам советы от имени бога Аполлона, уговаривали всех подчиниться страшной силе. Города, где правили знатные роды, ждали персов, чтобы присоединиться к ним. Только Афины и Спарта с пелопоннесцами решили сопротивляться.
Персы были непобедимы на азиатских равнинах, но в Греции они во второй раз встретились с неудобствами горной природы: они должны были медленно пробираться по горным ущельям и тропинкам и брать врозь каждую небольшую область, защищенную горами, как крепостной стеной. К тому же добыча в скудной Греции была невелика.
Все же положение тех греков, которые решили защищаться, было очень опасно. Небольшой отряд спартанцев в течение нескольких дней защищал против персов проход Фермопилы между северной и средней частью Греции, но был обойден и погиб. Персы добрались до середины Греции и везде опустошали страну. Жители Аттики и Афин должны были бежать. На судах перевезли семьи граждан и то, что можно было захватить из имущества, на соседний островок Саламин и в ближние города на юге; а все афиняне, способные к оружию и к работе, сели на корабли и соединились с другими греческими эскадрами.
Но греки сошлись из разных независимых городов; у них не было ни общего плана, как действовать, ни даже согласия. Пришлось отдать главное начальство спартанским вождям, потому что спартанцы считались самым сильным греческим народцем. Между тем спартанцы как раз не знали морского дела, и у них почти вовсе не было кораблей. Афиняне под начальством Фемистокла желали биться на море у самой родины своей; спартанцы хотели отступить южнее к своим берегам и укрепить перешеек у города Коринфа, чтобы не пускать персов дальше по сухому пути.
Против желания спартанцев греки должны были поневоле сразиться в узком проливе у острова Саламина: флот персов обогнул середину Греции и запер греческие корабли с двух сторон этого пролива. Греки взяли верх своим искусством в морском деле: они ставили корабли в круг носами вперед и затем быстро разъезжались лучами во все стороны: тяжелые корабли персов путались около незнакомых скал. Грекам помогла и непогода, разбившая много вражеских кораблей. Остатки расстроенного флота персов отъехали к Малой Азии, а царь, недовольный затяжкой войны, вернулся домой. Его беспокоило к тому же опасное восстание в Вавилоне. Сухопутное войско персов продолжало еще стоять в середине Греции. Лишь через год в упорной битве под городком Платеи оно было разбито греческим ополчением из спартанцев и афинян. В тот же день флот греков, преследуя персидский, одержал над ним победу у мыса Микале против острова Самоса.