На глубине около 8,5 м. от древней поверхности находился уровень еще одного дна источника, засыпанного более поздними слоями. В нем найдены чаши для питья и крупные суды, которые были спущены вниз, но разбились и целиком или частично остались там. Ниже этого уровня находится тот, который образовался в результате очистки колодца приблизительно к концу 5-го века до н. э. После чего в него попали терракотовая сима – желоб для отвода дождевой воды с крыши с головой льва. Это говорит о том, что здание было уничтожено, а его элементы выброшены. К тому же периоду относятся известняковые колонны с высоким основанием. Наиболее заметная находка этого уровня – бронзовая гидрия. По особенностям изображения женской головы на ручке можно судить, что она была создана в конце 6 в. до н. э. , а потом с надписью "Я принадлежу Зевсу Немейскому" подарена святилищу.
Ниже этого уровня до глубины 9,95 м. найдены скифос (чаша для питья на низкой ножке), ребристый лекиф (ваза с узким горлышком для оливкового масла) и ойнохое (ваза для вина с горлышком в виде трилистника), которые все принадлежат ко второй половине 5 в. до н. э.
Второй колодец был раскопан к северу от баптистерия раннехристианской базилики. В отличие от первого колодца, здесь не обнаружены соответствующие верхние уровни. Возможно, потому что он был очищен в V-VI вв. н.э. Это было необходимо, поскольку колодец использовался для накопления воды. Лишь на глубине 7,5 м. обнаружились материалы второй половины 4 в. до н.э.: амфора и кружка. Ниже этого уровня найдена сима от того же уничтоженного здания, что и в первом колодце. Найденная здесь ручка амфоры с рисунком пальметты позволяет датировать слой концом 5 в. до н.э. Ниже располагается уровень второй половины 5 в. до н.э., где найдена лампа и скифос.
Оба колодца демонстрируют сходную историю: были построены во второй половине 5 в. до н.э., недолго использовались и были заполнены обломками одного и того же здания. В последние десятилетия колодцы уже не использовались. Из этого следует, что Немейские игры в первой половине 4 в. до н.э. не проводились – в колодцах нет артефактов. Их нет и в остальном святилище – ни монет, ни посуды.
Из колодца возле храма Зевса в музее демонстрируются чаши, бронзовый ковш – ситула, лампы с бюстом Афины и младенца Офельта. Эти предметы принадлежат периоду конца III – начала IV в. н.э. и подтверждают существование святилища после посещения Павсания – вплоть до V-VI вв., когда здесь возникло раннехристианское поселение.
Еще один колодец размещен вблизи двух колодцев к юго-западу от храма Зевса. В момент обнаружения он был покрыт каменными плитами. На глубине 3.60 м. в песчаном слое были найдены две бронзовые монеты: первая, выпущенная Аркадийским союзом в конце 4 в. до н. э., и вторая – выпущенная Птолемеем III Эвергетом в Египте около 247-222 гг. до н.э. Монеты попали сюда вместе со смытым грунтом – сквозь щели между плитами.
Следующий слой оказался богатым артефактами, отражающими эпохи разрушений, когда стелы с надписями, архитектурные элементы и обломки утвари были брошены в колодец. Надписи, найденные в колодце, представляют собой тексты, которые уничтожались со вполне понятными политическими целями. Первая из надписей – часть договора между Аргосом и Аспендосом конца 4 в. до н. э., подтверждающая управление святилищем со стороны Аргоса. Камень был разбит где-то в другом месте, ибо прочих его фрагментов здесь не обнаружено. Второй фрагмент – часть известняковой плиты. Текст в два столбца содержит собой имена посланников (теородокои или теорои) и места командировок вестников или глашатаев, сообщающих полисам о Немейских играх. Их статус обеспечивал их жильем, доступом к развлечениям и приемом у должностных лиц полиса. Создание такого института относится примерно к 323 г. до н. э. В тексте на стеле говорится, что шесть групп (теорои?) направляются в различные регионы Греции. Эта стела также была разбита в другом месте – меньшая часть стелы была найдена в 40 метрах от колодца.
Также в этом колодце найдены фрагменты коринфской колонны, раскрашенные терракотовые сима и антефикс с крыш двух разных зданий, а также фрагмент коринфской капители. Что свидетельствует о широкомасштабных разрушениях в святилище. Также здесь найдены череп быка, шлифовальный камень, железный меч с золотой инкрустацией возле рукояти, бронзовые кольца и бронзовые ручки от крупных сосудов, гончарные изделия. Все указывает на разорение святилища во второй половине 3 в. до н. э.