Левое крыло войск Помпея было опрокинуто атакой Цезаря и стало отступать. Тогда с криком «Мы побеждены!» обратились в паническое бегство так и не вступившие в сражение союзники. Преследуя противника, Цезарь разделил свои силы на несколько отрядов. Они разрезали войска Помпея на части и по очереди подавляли их сопротивление.
При виде поражения и бегства своих войск Помпей совершенно растерялся и пал духом. На него нашло какое — то оцепенение. Он удалился в свою палатку, а когда ему донесли, что воины Цезаря ворвались в его укреплённый лагерь, он спросил только: «Неужели и в лагерь?» После этого Помпей снял с себя боевое вооружение, сел на коня и в сопровождении четырёх наиболее близких ему людей бежал с поля боя.
Цезарь одержал блестящую победу. На Балканском полуострове перестала существовать армия его противников. Лишь немногие из них сумели бежать. Оставшиеся считали своё дело проигранным и теперь готовы были примириться с Цезарем. В этом Цезарь охотно пошёл им навстречу. Многим перешедшим к нему видным сторонникам Помпея он даровал полное прощение. В их числе был и Марк Юний Брут, будущий убийца Цезаря. На сторону Цезаря перешла также большая часть бывших солдат Помпея. Все они изъявили готовность сражаться за Цезаря. За их счёт он пополнил ряды своего войска.
Помпей решил направиться в Египет. Там у него были прочные связи, сохранившиеся ещё со времени его пребывания с армией на Востоке. В египетских войсках служило немало прежних солдат Помпея. Страна была богата. Помпей рассчитывал почерпнуть в Египте средства, необходимые ему для продолжения борьбы с Цезарем, однако он не учёл одного: в Египте уже знали о его поражении под Фарсалом и о блестящей победе Цезаря. Египетскому царю — Птоломею Дионису — было только десять лет. Фактически власть находилась в руках враждовавших друг с другом царедворцев. Один из них настоял на том, чтобы оказать Помпею гостеприимство, а потом убить его. Так правящие круги в Египте рассчитывали приобрести расположение победителя Цезари. Этот план они и привели в исполнение.
Когда ничего не подозревавший Помпей подплыл к берегу, к его кораблю под предлогом, что море в этом месте мелко, была выслана лодка. В ней, кроме нескольких египетских гребцов, был находившийся на египетской службе римлянин Семпроний, когда — то служивший в войсках Помпея. Семпроний приветствовал Помпея от имени египетского царя и предложил ему пересесть в лодку, чтобы переправиться на берег. Но как только Помпей вошёл в лодку, Семпроний менее ему первый удар. Жена и друзья Помпея видели всё это с борта корабля, но им не оставалось ничего другого, как поспешно уйти в море. На берегу враги обезглавили тело Помпея.
Вскоре у берегов Египта появился на своих кораблях пустившийся преследовать беглеца Цезарь. По дороге он захватил целую эскадру помпеянских кораблей, сдавшихся в плен без боя. Окровавленная голова Помпея была услужливо преподнесена Цезарю. Видевшие это потом рассказывали, что, взглянув на неё, Цезарь отвернулся.
Иды марта
Отгремели последние битвы гражданской войны. В Испании в ожесточённом сражении при Мунде (о котором сам Цезарь потом говорил, что он бился в нём не только за победу, но и за жизнь) его противники ещё раз были наголову разбиты. Сопротивление последних республиканцев, возглавлявшихся сыновьями Помпея, было подавлено. Гражданская война закончилась. Торжество Цезаря было полным.
В Риме шли пышные торжества. Цезарь праздновал свой триумф. Жители столицы получили щедрые подарки и хорошее угощение. На площадях и улицах Рима во время празднеств выставлялись десятки тысяч столов для граждан, пирующих за счёт Цезаря. В цирках шли грандиозные звериные травли и гладиаторские бои со многими тысячами участников.
Положение Цезаря казалось прочным. Народное собрание и сенат поднесли ему почётный титул «отца отечества». Ему было предоставлено пожизненное звание диктатора, право объявлять войну и заключать мир, право распоряжаться государственной казной и выдвигать кандидатов на выборах должностных лиц; одновременно Цезарю была пожизненно присвоена власть народного трибуна, он постоянно избирался консулом. Войска провозгласили Цезаря императором. Народное собрание беспрекословно его слушалось, а расширенный до 900 сенаторских мест сенат состоял из его сторонников.
Цезарь, конечно, понимал, что своими успехами он прежде всего обязан своим солдатам. Именно с их помощью он одержал верх над противниками и достиг небывалого в Риме влияния и власти.