Для того чтобы расчистить дорогу и открыть римской армии проход к северной стороне Иотапаты, потребовалось пять дней. Выйдя на исходные позиции, Веспасиан начал штурм. На протяжении пяти дней иудеи мужественно отражали атаки значительно превосходивших их сил противника. Под прикрытием огня со стен Иосиф с воинами совершали дерзкие вылазки против римских войск, неоднократно контратакуя, тогда как Веспасиан гнал легионеров вверх по склону в тщетной попытке добраться до стен. Через пять дней обороны евреи преисполнились воодушевления, но тут Веспасиан сменил тактику. Чтобы прикрыть атакующих, он приказал возвести у северной стены осадные башни. И снова осажденные благодаря изобретательности взяли верх.
Когда римляне попытались защитить строителей осадных башен с помощью плетеных загородок, иудеи стали швырять со стен камни и таким образом сильно усложнили римлянам оборону. Когда легионеры наконец закончили постройку башен, Иосиф просто приказал надстроить северные стены повыше, а рабочих прикрыть щитами из натянутых воловьих шкур. Затем под прикрытием щитов и огня из выставленных полукругом ста шестидесяти катапульт Веспасиан бросил в бой стенобитное орудие. Когда солдаты наконец дотащили таран до стены и стали в нее колотить, иудеи, чтобы смягчить удары, стали сбрасывать со стен огромные мешки, набитые материей, прикрывая те места, куда целился таран.
Однако римляне не собирались отступать. Когда Веспасиан в одной из стычек был ранен стрелой в ногу, он не оставил поле боя, а продолжил сражаться, вдохновляя своим мужеством легионеров. Превозмогая боль, военачальник призвал воинов биться еще отчаяннее. Иосиф своими глазами видел, как человека обезглавило каменным ядром: «…его голова, оторванная снарядом, пущенным катапультой с расстояния более пятисот метров, отлетела словно мелкий камешек». Другое ядро отшвырнуло беременную женщину на сто метров. Среди шума битвы то и дело слышались свист летящих снарядов, грохот ударов и глухой стук тел, сыпавшихся со стен на землю.
Наконец римлянам улыбнулась удача, и с помощью осадных орудий им удалось проделать в стене пролом. Однако, когда легионеры пошли в атаку и попытались пробиться через пролом внутрь города, выяснилось, что у евреев в запасе имеется еще один сюрприз. Чтобы защититься от града камней, копий и стрел, летевших со стен, римляне приближались к городу, построившись «черепахой»
Незадолго до рассвета сорок седьмого дня осады Тит бесшумно провел через пролом отряд специально подобранных легионеров. Иудеи были так измотаны, что воинам Тита удалось незамеченным и подкрасться к спящим часовым, перерезать им горло и проникнуть в Иотапату. Вскоре подняли тревогу, но было уже поздно, и легионеры, подобно муравьям, устремились в город. Мятежники, охваченные паникой, рассеялись по узким улочкам. Кто-то из них сдавался, кто-то оказывал вялое сопротивление, а кто-то предпринял отчаянную попытку укрыться в пещерах. Сопротивление большей части восставших быстро удалось сломить, а спрятавшихся выманить наружу. Однако при захвате города римляне обнаружили, что отличить мятежника от мирного жителя не такая уж простая задача. Когда один из иудеев попросил римского центуриона помочь ему выбраться из пещеры, воин с готовностью протянул руку. Благодарностью ему послужил резкий удар мечом, прикончивший легионера на месте. Римляне начали прочесывать город и прилегающие территории в поисках восставших. Один человек их особенно интересовал.