Однако религиозной терпимости римлян имелся и свой предел, который нельзя было переходить. Ряд небольших культов мелких божеств не представлял никакой угрозы государственному контролю над религией; они, наоборот, только лишь его укрепляли. В этом и заключалось их отличие от хорошо организованной религиозной общины, предлагавшей альтернативу имеющимся культам. Римляне ненавидели христиан, поскольку объект их поклонения подразумевал исключительность, а само поклонение являлось отрицанием всего того, что для римлян было святым. Отказ молиться римским богам автоматически означал неприятие самих римлян и римского миропорядка. Однако главная угроза христианства заключалась в другом. После десятилетий жесточайшего кризиса Диоклетиану было крайне важно сохранить «жалованный богами мир» и следовать неписаному соглашению, согласно которому римские боги благоволят империи в обмен на молитвы и подношения им. Стабильность в государстве зависела именно от расположения богов. Таким образом, необходимо было принять меры для обеспечения этой стабильности, а поклонение и почитание христианского Бога ставили ее под угрозу. В связи с этим именно кризис и стал причиной самых страшных гонений на христиан.
Первое массовое преследование христиан в масштабах всей империи пришлось на 250 г. В то время северные границы государства страдали от набегов готов, и император Деций призвал к массовым жертвоприношениям в его честь, желая добиться расположения богов. Каждому жителю империи, принявшему участие в жертвоприношениях, выдавалось соответствующее свидетельство. Христиан, отказывавшихся следовать всеобщему примеру, предавали пыткам и казням. В конце концов преследования сошли на нет, но проблема никуда не делась. Сорок лет спустя, во времена введенной Диоклетианом тетрархии, контроль за вероисповеданием жителей империи стал еще жестче. Следование традициям, порядок и почитание старых богов стали краеугольными камнями реформ Диоклетиана и ключом к обновлению империи. Возражения не принимались. Нет ничего удивительного в том, что это было лишь вопросом времени — когда именно вспыхнет трут и проблема с христианами снова во всей ее тяжести предстанет перед Диоклетианом.
В 299 г. Диоклетиана известили о том, что некие жрецы пытались добиться знаков расположения богов. Когда же благие знамения им не были явлены, жрецы обвинили во всем солдат-христиан, которые во время жертвоприношений якобы осеняли себя крестным знамением. Диоклетиан отреагировал на известия крайне жестко. Сначала он провел чистку армии. После ряда попыток искоренить христианство он изменил тактику и взялся за его полное уничтожение. Он вызвал к себе отряд преторианских гвардейцев и приказал им сжечь церковь в своей столице Никомедии. Однако на этом он не остановился. Когда пламя угасло, Диоклетиан велел солдатам взяться за ломы и топоры и сровнять обугленные развалины церкви с землей.
За этим последовал эдикт, касавшейся всей империи: места христианских собраний уничтожить, священные книги сжечь, а христиан, занимающих какие-либо должности, отстранить от власти. Лишая христиан легального статуса, Диоклетиан выбивал почву у них из-под ног. Теперь их можно было пытать и казнить. Христиане из вольноотпущенников были снова обращены в рабов. Епископ Никомедийский был казнен, а многие другие брошены в тюрьмы и подвергнуты пыткам. Подвергая христиан гонениям, римляне стремились упрочить положение своей собственной религии. Необходимо признать, что политика Диоклетиана не нашла широкой поддержки. Она лишь еще раз продемонстрировала широту распространения христианства и высокую степень организации христианских общин. Кампания по преследованию христиан потонула в крови и закончилась крахом, став фактически единственной неудачей за все время выдающегося правления Диоклетиана. В 305 г., через два года после начала гонений, Диоклетиан объявил об их прекращении.
В тот же самый год Диоклетиан удалился в великолепный дворец, воздвигнутый на берегу моря в месте под названием Спалатум (совр. Сплит, Хорватия). Здания, которые сейчас стоят в этом городе, относятся к средневековью, однако рисунок улиц не менялся со времен античности. Диоклетиан стал первым и единственным императором, который отрекся от власти добровольно. Не терпевший возражений государь решил, что его тяжкий труд, связанный с проведением реформ, закончен и теперь он может беззаботно наслаждаться отдыхом у моря. По крайней мере, именно на это он надеялся. Однако после того, как император отошел от дел, его детище — система тетрархии — стало давать трещины.