Низложенного Абдул-Латыфа отправили в ссылку в г. Белоозеро. Лишь в январе 1508 года русское правительство освободило его из-под ареста («из нятства») и дало ему в управление город Юрьев Польский, хотя Крымское правительство настаивало на том, чтобы Абдул-Латыф получил в управление г. Коширу. Зато Великий князь «в братство и в любовь его себе учинил», правда, потребовав соблюдения целого ряда формальностей. Например, крымский хан Менгли-Гирей, царица Нур-Салтан и старший сын Менгли-Гирея царевич Мухаммед должны были дать поручительство в том, что Абдул-Латыф не изменит Великому князю. С этих пор Абдул-Латыфа, как полноправный суверенный государь в своём уделе, получил право войны и мира, ведения дипломатических договоров, в официальных документах с Великим князем оба государя называли друг друга братьями, то есть считались равными между собою. В распоряжении хана было войско — огланы, князья и «казаки» = простые татары.
27 октября 1505 года, на 67-м году жизни, после 44 лет правления государством умер Иоанн III Васильевич.
1505. — Великим князем Московским становится Василий III Иванович (1479–1533). Он лично унаследовал три четверти владений государства, и получил исключительное право на власть в стране.
Новый государь продолжил расширение владений Москвы.
Однако ему пришлось ещё раз ввязаться в кровопролитную войну с Казанью (1505–1507), затеянную самими казанцами во главе с их новым ханом, вчерашним князем Звенигородским, Мухаммед-Эмином. Война не изменила положения сторон, они в итоге вернулись к исходному состоянию своих отношений, но она окружила хана ореолом победителя, укрепила его на престоле, прославила казанское войско и обогатила граждан добычей, а русские понесли огромный материальный и немалый моральный ущерб. А ведь в 1507 году началась ещё и русско-польская война из-за Смоленска, — она длилась затем до 1522 года.
Оправившись от поражений, нанесённых казанцами, русское правительство укрепило границу, и в 1508–1510-х годах построило каменную крепость в Нижнем Новгороде. В Казани же всё более или менее успокоилось; происходили оживлённые дипломатические сношения с крымским и московским правительствами, укреплялись коммерческие связи. Россия путём переговоров добилось в январе 1508 года освобождения из Казани своих военнопленных, взятых в 1506 году. А Мухаммед-Эмин решил вернуться к своей прежней дружелюбной политике, понимая, что рискует не только престолом, но ему в перспективе грозит ссылка на север в качестве арестанта, если не чего похуже.
1508. — Подписание «вечного мира» с Великим княжеством Литовским. Признание Литвой присоединения к Московскому государству Северских земель.
1509. — Разгорелась борьба между игуменом Волоцкого монастыря Иосифом, сторонником сильной великокняжеской власти, и новгородским архиепископом Серапионом, утверждавшим верховенство церковной власти над светской. Конфликт закончился снятием церковным собором Серапиона с архиепископства и заточение его в Андрониковом монастыре.
1509–1510. — Поездка Василия III в Новгород, имевшая большое политическое значение. В числе прочих знатнейших лиц Великого князя сопровождал Абдул-Латыф, бывший казанский хан, бывший ссыльный. (Правда, Москва не была удовлетворена направлением взглядов Абдул-Латыфа, и он не миновал нового ареста: в мае 1512 года его обвинили в содействии набегу крымских татар на Россию, арестовали и лишили всех владений.)
1510. — Присоединение Пскова. Псковское вече уничтожено, псковские семьи переселяются в московские волости. В этом же году Филофей, инок псковского Елизарова монастыря, в послании к Василию III развивает теорию о Москве — третьем Риме.
1512. — Король польский и великий князь литовский Сигизмунд начал войну с новым государем Москвы, но ничего не добился. Всё больше литовско-русских князей, таких, как Михаил Глинский, переходили к Москве. В 1512 году, узрев нарушение мира в нападении союзных теперь уже Литве крымских татар, московские войска двинулись на Смоленск.
В то же время с казанцами отношения только улучшались. В феврале 1512 года сеид Шах-Хуссейн совершил поездку из Казани в Москву и здесь подписал от имени казанского правительства договор об установлении вечного мира между обоими государствами: «мир вечный взяли с великим князем и любовь неподвижиму, доколе бог даст». Этому предшествовали следующие интересные события.
Царица Нур-Салтан, мать Мухаммеда-Эмина и Абдул-Латыфа, жила в Бахчисарае. По рождению она была Ногайской княжной и, дважды овдовев на казанском престоле, вышла замуж за крымского хана Менгли-Гирея. Сохранилась (в русских переводах) её замечательная переписка с сыновьями и с Иоанном III.