Догорает свеча, догорает,
А другого светильника нет,
Пусть мой труд остановки не знает,
Пока льется мерцающий свет…
Из тюрьмы он вышел совершенно больным человеком. Обследовавший его консилиум врачей вынес свой вердикт: он может рассчитывать максимум лет на пять жизни при условии полного соблюдения предписанного весьма строгого режима.
Все так бы и было, и врачи оказались бы правы. Но соблюдать режим не давали многочисленные его почитатели, устраивавшие бесконечные банкеты в его честь. Ни о каком соблюдении рекомендаций врачей не могло быть и речи, а самочувствие при этом только улучшалось. Стало ясным, что надо жить, как живешь, и он прожил еще сорок лет.
В 1907 году Н. А. Морозов издал книгу «Периодические системы строения вещества», написанную в основном в 1890-х годах, в которой он развивал мысль о сложном строении атомов, и этим обосновал сущность периодического закона строения химических элементов. В ней он отстаивал предположение о возможности разложения атома, которое в то время большинству физиков и химиков казалось неубедительным, так как для этого утверждения еще не было достаточных экспериментальных доказательств. По представлению Д. И. Менделеева за эту работу ему была присуждена ученая степень доктора химии honoris causa Петербургского университета
В 1911 году его осудили на один год заключения за стихи, напечатанные в сборнике «Звездные песни». В исполнение этого приговора он был заключен в Двинскую крепость, где написал целый ряд научных и литературных работ.
Когда результаты его научных работ стали известны обществу, Н. А. Морозов был избран членом Русского физико-химического общества, Русского астрономического общества и Московского общества любителей естествознания, антропологии и этнографии. Он стал профессором аналитической химии в Высшей вольной школе П. Ф. Лесгафта, постоянным членом Французского астрономического общества (Societe astronomique de France) и постоянным членом Британского астрономического общества (British astronomical association), председателем Русского общества любителей мироведения, почетным членом Московского общества испытателей природы.
Ученый вел большую лекционную работу в различных городах России и за границей, читал лекции по химии, астрономии и воздухоплаванию.
Кстати, Н. А. Морозов был одним из пионеров научного воздухоплавания в России, получил звание пилота, был председателем комиссии научных полетов, читал лекции о научном и культурном значении авиации, сам не раз летал на первых аэростатах и самолетах. Был избран действительным членом, а в 1917 г. заместителем председателя Всероссийского аэроклуба. И это в 60 лет!
Во время первой мировой войны, в 1915 г., Н. А. Морозов отправился на фронт в Польшу и здесь, на передовых позициях, в качестве делегата Всероссийского земского союза оказывал активную помощь больным и раненым. Свои воспоминания и мысли о войне он отразил в книге очерков «На войне», изданной в 1916 г.
После революции и до самой своей смерти он был директором и заведующим астрономическим отделением Петроградского научного института имени П. Ф. Лесгафта, который создал на базе С-Петербургской биологической лаборатории, где он работал по приглашению основателя этой лаборатории П. Ф. Лесгафта после выхода из Шлиссельбургской крепости.
В 1923 году постановлением Совнаркома СССР за заслуги перед революцией и наукой его родовое имение Борок было передано ему в пожизненное пользование. Через восемь лет после этого он передал в ведение Академии наук СССР большую часть своего имения, где был организован Дом труда и отдыха Академии наук СССР. А когда приняли решение о создании Рыбинского водохранилища, на берегу которого должно было оказаться имение Морозова, по его инициативе в Борке была создана Верхне-Волжская база Академии наук СССР, и Н. А. Морозов избрали ее почетным председателем.
В 1932 году он был избран почетным членом Академии наук СССР. Его научная деятельность была отмечена тремя орденами, два из которых были орденами Ленина. Совет Народных Комиссаров СССР учредил стипендии имени Н. А. Морозова по астрономии, физике и химии. Он был избран членом Ученого совета Института истории естествознания АН СССР.
В последние годы жизни он работал над фундаментальным трудом «Теоретические основы геофизики и метеорологии», в котором показал, что воздействие Галактики на метеорологические и геофизические процессы Земли имеет закономерный характер и очень велико. (Работа не издана до сих пор.)
В конце 1944 года, будучи уже 90-летним стариком, он прислал секретарю химического отделения АН СССР С. И. Вольфковичу такое письмо: