После революции и до самой своей смерти он был директором и заведующим астрономическим отделением Петроградского научного института имени П. Ф. Лесгафта, который создал на базе Санкт-Петербургской биологической лаборатории, где он работал по приглашению основателя этой лаборатории П. Ф. Лесгафта после выхода из Шлиссельбургской крепости.
В 1923 году постановлением Совнаркома СССР за заслуги перед революцией и наукой его родовое имение Борки было передано ему в пожизненное пользование. Через восемь лет после этого он передал в ведение Академии наук СССР большую часть своего имения, где был организован Дом труда и отдыха Академии наук СССР. А когда приняли решение о создании Рыбинского водохранилища, на берегу которого должно было оказаться имение Морозова, по его инициативе в Борках была создана Верхне-Волжская база Академии наук СССР, и Н. А. Морозова избрали ее почетным председателем.
В 1932 году он был избран почетным членом Академии наук СССР. Его научная деятельность была отмечена тремя орденами, два из которых были орденами Ленина. Совет народных комиссаров СССР учредил стипендии имени Н. А. Морозова по астрономии, физике и химии. Он был избран членом Ученого совета Института истории естествознания АН СССР.
В последние годы жизни он работал над фундаментальным трудом «Теоретические основы геофизики и метеорологии», в котором показал, что воздействие Галактики на метеорологические и геофизические процессы Земли имеет закономерный характер и очень велико. (Работа не издана до сих пор.)
В конце 1944 года, будучи уже 90-летним стариком, он прислал секретарю Химического отделения АН СССР С. И. Вольфковичу такое письмо:
Свой жизненный путь он закончил 30 июля 1946 года там же, где и родился, в Борках. Его похоронили рядом с домом, где он родился и жил, а в самом доме открыли его мемориальный музей под эгидой АН СССР.
Теперь благодаря издательству «Крафт» мы можем познакомиться с одним из самых интересных трудов Н. А. Морозова, «Историей человечества в естественно-научном освещении». Этот труд составляет более 5 тысяч страниц, ученый отдал ему более сорока лет жизни. Работа больше известна под названием «Христос», как предложили ее назвать при первом издании в 30-х годах, для лучшей продажи. В этой работе Морозов на основании различных научных методов дает новую периодизацию древней и средневековой истории.
Хроники хронотроники
Однажды С. И. Валянский и Д. В. Калюжный затеяли новую науку и объединились в небольшой коллектив. Назвали его скромно: «Лаборатория хронотроники». Официальную «крышу» предоставил директор НИИ Биотехнологии, доктор наук, академик РАЕН Раиф Гаянович Василов. Пока шел процесс подготовки многотомных «Основ Хронотроники», в коллективе завелись свои летописцы. И вот сама жизнь поставила прекрасный эксперимент: как рождаются мифы.