С другой стороны, однако, перспективы быстро ухудшались. Многие серьезные ученые видели в книге Скалигера не спорные моменты, над улучшением которых надо работать, а пример непомерных амбиций автора. Он их настолько не устраивал, что в ход пошли уж совсем не научные приемы. Для Скалигера стало неожиданностью, что его враги напали на его социальное положение.
Скалигер бежал в Женеву из Парижа в 1572 году после Варфоломеевской ночи и там выдал себя за ярого кальвиниста. Однако, будучи по крови евреем, он нигде не чувствовал себя в безопасности. Тема личного происхождения была его старой ноющей раной: ложные претензии на благородство достались ему в наследство от отца, звавшего себя Юлием Цезарем. В 1583 году Агостино Нифо доказывал в Падуе, что Скалигер — простой Бордони, и не имеет никакого отношения к веронским правителям делла Скала. Падуанские враги хронолога обнародовали документы, опровергавшие как его истории, так и его диплом доктора филологии. Ответное нападение Скалигера на Роберто Тити выставило эти вопросы на свет, и в 1589 году Тити пообещал в печати сорвать маску скалигеровского благородства и показать его истинное лицо.
Затем многие со всем рвением накинулись на «Сокровищницу времен» Иосифа Скалигера; кстати отметим, что само название книги типично для масонской литературы. Теперь в рядах его врагов были уже не отдельные личности вроде Тити: иезуиты отчаянно нападали на отдельные пункты его творения. В 1605 году Карло Скрибани издал памфлет, порочащий Скалигера и имевший целью изолировать его от католических ученых, оказавших ему уважение и симпатию в прошлом. Скрибани убеждал Липсия отказать Скалигеру в поддержке в Лейдене, куда он переехал их Женевы.
Против него шла массированная контрреформаторская пропаганда. В 1607 году вышел очередной памфлет, направленный против «низкорожденного протестантского врага». Сциоппиус, перешедший снова в католичество и ставший большим другом иезуитов с 1598 года, был одним из самых ядовитых противников Скалигера. Он постарался дискредитировать происхождение, карьеру и ученость хронолога, выставил его как аморального знатока языческой непристойности настолько выпукло и ярко, что до XIX века, по словам Э. Графтона, «его карикатуру считали точным портретом».
Скалигер кое-как защищался. Он говорил, что Панвинио, Мюре и Мануцио принимали за должное претензии его отца считаться делла Скалой. Он отрицал обвинения в симпатиях к порнографии, говоря, что едва знает Петрония. Но насколько были опасны в XV–XVII веках обвинения в разврате в Западной Европе? Испытывал ли Скалигер неудобство из-за морального осуждения? Или в большей степени страдало его научное самолюбие?
Как бы то ни было, скалигеровский канон, его хронология, столь милая сердцам современных историков, выглядела более чем сомнительной в XVII веке, из-за чего европейские хронологи раскололись на множество сект. Скалигеровцы следовали впереди лишь одной из них, и то с трудом. Лишь более поздние протестантские ученые расчистили препятствия, чтобы путь Петавиуса, переведшего хронологию Скалигера в годы от Рождества Христова, был легким. Благодаря ему знакомая нам хронология Древнего мира стала догмой.
Вскоре появилась возможность ее проверки.
Первые раскопки в Геркулануме начались в 1711 году; в 1748-м дошло и до Помпей. Раскопки носили рекламный и коммерческий характер, ни о каких научных исследованиях речь в XVIII веке не шла. Первые раскопки в Афинах вело английское «Общество дилетантов» в 1751–1743 годах, — об их уровне говорить сегодня неловко.
Но уже первые, весьма поверхностные результаты, начали порождать в обществе скептические настроения в отношении скалигеровской «истории». А итальянец Франческо Бьянкини утверждал, что археологические памятники дают совсем иное знание прошлого, чем письменные данные «древних» авторов. Реализацией его взглядов явилось опубликование «Всеобщей истории, изложенной по памятникам и изображенной в древних символах».
«Основным достижением эпохи Просвещения было то, что историки увидели многочисленные неточности, ошибки, искажения и фальсификации в источниках, — пишет В. А. Иванов. — Разрушение авторитетов привело к развитию критического взгляда на источники вообще и расцвету филологической критики источников в частности».
Основателем критического метода в классической филологии стал английский ученый Р. Бентли (1662–1742). Он исследовал письма одного из сицилийских тиранов VI века до н. э. Фалариса, и путем тщательного и всестороннего анализа установил, что они являются не подлинником, а фальсификатом.