Так, на третий день войны по его указанию был арестован К.А. Мерецков, летом 1941 года Сталин ускорил составление приговора над Д.Г. Павловым, В.Е. Климовских, А.Т. Григорьевым и А.А. Коробковым, потребовав немедленного приведения его в исполнение и доведения до руководящего состава фронтов. Лично им был подготовлен приказ № 270, на основании которого командующие 28-й, 12-й армиями генералы В.А. Качанов и П.Г. Понеделин заочно приговаривались к расстрелу. Тогда же он санкционировал арест большой группы командиров, среди которых были генерал Ф.К. Кузьмин, начальник кафедры тактики Военной академии им. М.В. Фрунзе, генерал В.А. Меликов, начальник факультета Академии Генерального штаба, генерал Н.И. Трубецкой, начальник Управления военных сообщений Красной Армии. Несколько позже к расстрелу был приговорен генерал Н.А. Клич.
Характерна оценка, сделанная И.В. Сталиным деятельности Л.З. Мехлиса на Западном фронте летом 1941 года. 6 июля Сталин получил от него телеграмму следующего содержания:
«Москва, Кремль, Сталину.
Военный совет установил преступную деятельность ряда должностных лиц, в результате чего Западный фронт потерпел тяжелое поражение. Военный совет решил:
1) Арестовать бывшего начальника штаба фронта Климовских, бывшего заместителя командующего ВВС фронта Тодорского и начальника артиллерии фронта Клича.
2) Предать суду военного трибунала командующего 4-й армией Коробкова, командира 9-й авиадивизии Черных, командира 42-й сд Лазаренко, командира танкового корпуса Оборина.
Просим утвердить арест и предание суду перечисленных лиц.
3) Нами арестованы – начальник связи фронта Григорьев, начальник топографического отдела фронта Дорофеев, начальник отделения отдела укомплектования фронта Кирсанов, инспектор боевой подготовки штаба ВВС Юров и начвоенторга Шейнкин.
4) Предаются суду помначотделения АБТУ Беркович, командир 8-го дисциплинарного батальона Дыкман и его заместитель Крол, начальник Минского окружного сансклада Белявский, начальник окружной военветлаборатории Овчинников, командир дивизиона артполка Сбиранник.
Тимошенко, Мехлис, Пономаренко».
В тот же день последовал ответ:
«Тимошенко, Мехлису, Пономаренко.
Государственный Комитет Обороны одобряет ваши мероприятия по аресту Климовских, Оборина, Тодорского и других и приветствует эти мероприятия, как один из верных способов оздоровления фронта. И. Сталин».
В 1942 году по его указанию, правда, негласному, был арестован начальник оперативного отдела штаба Сталинградского фронта генерал И.Н. Рухле, заподозренный Верховным Главнокомандующим в передаче информации противнику.
В конце 1943 года и в 1944 году, когда война приближалась к своему победному завершению, на основании решений Сталина, закрепленных соответствующими указами, были выселены из родных мест сотни тысяч чеченцев, ингушей, балкарцев, карачаевцев, крымских татар, калмыков, турок-месхетинцев. Общее число выселенных мусульман составляло около 3 млн. человек, из них почти миллион детей, женщин, стариков и больных умерли в ходе переселения.
Видеть во всех неудачах руку врага превратилось у Сталина в идею фикс. С необычной легкостью он мог манипулировать судьбами людей, в том числе и военными руководителями. Так называемая «рокировка» командующих войсками и армий была особенно типична для первого года войны. Десять фронтов сменил генерал А.И. Еременко, шесть – маршал И.С. Конев. Постоянно перемещался с одной должности на другую генерал И.Е. Петров. Маршал С.К. Тимошенко возглавлял войска Западного направления, затем Юго-Западного направления, войска Западного, Северо-Западного, Сталинградского фронтов.
Не менее показательным в этом отношении является служебный путь генерала М.С. Хозина. 27 октября 1941 года он был назначен командующим войсками Ленинградского фронта, а 9 июня 1942 года отстранен от этой должности. Вскоре Сталин назначил его командующим 33-й армией, затем заместителем командующего войсками Западного фронта, командующим 20-й армией. В начале марта 1943 года Хозину было присвоено звание генерал-полковника, он получил назначение командующим Особой группой войск, но затем вновь стал заместителем командующего войсками Западного фронта. С этой должности генерал М.С. Хозин был снят 8 декабря 1943 года и направлен в распоряжение начальника Главного управления кадров НКО.
Всего за годы войны на Западном фронте сменилось десять, в 47-й и 51-й армиях – четырнадцать, в 9-й – тринадцать, в 20-й – двенадцать, в 18-й и 21-й – одиннадцать командующих.