Кобаяси выбрал для атаки авианосец «Йорктаун». Его группу встретили 12 истребителей воздушного патруля, сбив несколько пикировщиков Остальные прорвались и атаковали авианосец, несмотря на огонь зениток, и добились 3 попаданий, хотя при этом понесли новые потери. Первая бомба попала в самый центр полетной палубы, чуть позади центрального элеватора, и взорвалась в ангаре, уничтожив 3 caмолета. Интересно отметить, что один из этих «Доунтлессов» был заправлен и даже имел подвешенную 1000-фн бомбу, но механики успели включить спринклеры и взрыва не произошло. Вторая бомба взорвалась в дымовой трубе, вывела из строя 2 котла и погасила огонь в 5 котлах из 6. Взрыватель третьей бомбы сработал с большим замедлением, и она взорвалась глубоко в трюме. В общем, японские пилоты добились неплохого результата — из 7 сброшенных бомб 3 были прямыми попаданиями и 2 близкими разрывами, только потери при этом оказались недопустимо высокими. В результате полученных повреждений скорость «Йорктауна» начала быстро снижаться, и через 20 минут он остановился. Так как взрывами были выведены из строя средства связи, в 13.13 адмирал Флетчер решил перебраться на крейсер «Астория». Спрюэнс, который видел, как на горизонте внезапно поднялся столб дыма, послал на помощь Флетчеру 2 крейсера и 2 эсминца.
А теперь мы должны опровергнуть очередную легенду Мидуэя. Большинство источников утверждает, что достоверную информацию о силах американцев Нагумо и Ямагути получили только после возвращения разведывательного самолета «Сорю». Сообщения гидросамолета № 5 «Тикумы» были путаными и неточными, хотя они дали намек на то, что японцам противостоит не один авианосец, а несколько, Но абсолютно точная информация была получена еще в 13.00 с эсминца «Араси». Он выудил из воды одного из сбитых американских летчиков, и тот во время допроса выложил все. Теперь японцы узнали, что они сражаются с 3 авианосцами, причем «Йорктаун» действует отдельно от двух других, и это сразу ставило под сомнение перспективы. Даже если предположить, что пикировщики Кобаяси вывели из строя один авианосец, «Хирю» вряд ли смог бы противостоять двум другим. Но изменить что-либо японцы уже не могли. Поэтому, когда в 13.20 с «Хирю» взлетели последние его ударные самолеты — 10 торпедоносцев и 6 истребителей под командованием лейтенанта Томонаги, это больше всего напоминало жест отчаяния. Пилотов напутствовал лично адмирал Ямагути. Так как теперь все знали, что у американцев 3 авианосца, было важно атаковать неповрежденный.
Еще одна загадка: почему торпедоносцы стартовали так поздно? Ведь ударная группа, бомбившая Мидуэй, вернулась на авианосцы 3 часа назад. Чем занимались механики и оружейники «Хирю» все это время? Объяснений этому нет. Может быть, Ямагути ждал нового сообщения о точных координатах американских авианосцев? Не известно. Короче, чем дальше, тем все больше действия Кидо Бутай напоминали предсмертные судороги, беспомощные и бесполезные, такие же, как жест самого Томонаги, решившего лететь на самолете с одним исправным бензобаком.
Только после того, как Томонага улетел, прибыл разведчик «Сорю», хотя ничего нового он сообщить уже не мог. Вернулись и жалкие остатки ударной группы Кобаяси — 5 торпедоносцев и 1 истребитель. На основании полученной информации Ямагути сделал вывод, что один американский авианосец потоплен или, по крайней мере, очень серьезно поврежден. Однако он судил по собственному опыту, три наглядных доказательства которого продолжали пылать на горизонте. Предположить, что в американском флоте борьба за живучесть находится на качественно ином уровне, «самый способный после Ямамото» адмирал оказался не в состоянии. Он ждал результатов атаки торпедоносцев и надеялся на лучшее. В 14.30 Ямагути радирует на «Акаги», чтобы все самолеты, находящиеся на полетной палубе авианосца, перелетели на «Хирю». Без комментариев.
В 14.26 по радио долетел долгожданный приказ Томонаги: «Всем самолетам атаковать!» Торпедоносцы нашли противника довольно легко, но вот чего не знали японские пилоты — они вышли все на тот же самый «Йорктаун». Американцы прекрасно воспользовались предоставленной им передышкой, механики ввели в строй часть котлов, и корабль мог развить скорость 19 узлов. Но вот с воздушным патрулем возникли некоторые проблемы. В воздухе находились 6 «Уайлдкэтов», из которых только 4 были направлены на перехват. ОС 16 направило на помощь еще 8 истребителей, однако снова японцев остановить не удалось, но теперь потери были даже меньше, чем у пикировщиков. Может, помогло то, что Томонага умело использовал облачность для скрытого подхода. В результате атаки авианосец получив 2 попадания в левый борт. Руль заклинило, крен сразу достиг 17 градусов, и японцы снова решили, что авианосец обречен На этот раз уцелели 5 торпедоносцев и 4 истребителя, которые в 15.40 вернулись на авианосец.