Окончив курс в 1870 году, А. П. Лебедев оказался перед выбором. Сам он следующим образом характеризует создавшуюся ситуацию: «По окончании курса мне, не имевшему никакой ученой степени, предложено было ректором Академии на выбор сразу ни много ни мало — всего пять кафедр, где были вакантные места: Св. Писания Ветхого Завета, Св. Писания Нового Завета, Библейской истории, Введения в курс богословских наук и, наконец, Древней церковной истории. С нетерпением ждала меня и шестая кафедра — по метафизике. Дело объясняется так: В 1869 г. вводился новый устав в Киевской Академии, вследствие чего понадобилось заместить здесь кем-нибудь кафедру метафизики, — метафизики, которая доселе совсем не преподавалась в указанной Академии. Совет этой Академии обратился к покойному нашему профессору Кудрявцеву с просьбой — рекомендовать кого-либо из его учеников для замещения кафедры метафизики в Киевской Академии. Кудрявцев рекомендовал меня: не потому однако, что считал меня великим метафизиком, а потому, что я тогда, будучи на 4-м курсе, писал магистерское сочинение на философско-богословскую тему. Итак, я, еще находясь на школьной скамье, был зачислен кандидатом на кафедру метафизики в Киеве. Но этой кафедры я, к счастью, не занял. Когда я окончил курс в 1870 г., Совет нашей Академии, — учреждение, тогда только что народившееся, пожелал удержать меня при родной мне школе. А для того, чтобы уладить дело наиуспешным образом. Совет предложил мне на выбор любую из пяти вышепоименованных кафедр. Мною выбран теперешний мой предмет. Я со времени детства любил историю, хотя мало понимал сущность этой в действительности очень мудреной науки». «Не скрою, что тогдашний ректор блаженной памяти А. В. Горский был против моего выбора церковной истории, — по различным основаниям. Во-первых, мои успехи в церковной истории были отмечены лишь баллом «4» (какова ирония судьбы!); во-вторых, по каким-то случайным причинам, я не писал ни одного семестрового сочинения ни по одной из церковно-исторических наук, — а главное, мое магистерское сочинение не имело никакого отношения к церковной истории. О. ректор А. В. Горский настойчиво предлагал взять мне кафедру «Введение в круг богословских наук» — но я уперся и стоял на своем».[6] Таким образом, А. П. Лебедев понял свое настоящее место. Кафедру «Истории древней Церкви» он занимал в течение двадцати пяти лет.
Тогда же он начал свою научную деятельность публикациями статей в духовных журналах. В МДА сразу оценили молодого ученого. На это указывает тот факт, что через 4 года после окончания Академии, в 1874 году, А. П. Лебедев стал экстраординарным профессором МДА, победив в конкурсе путем баллотировки доцента МДА В. О. Ключевского, хотя последний окончил курс на 5 лет раньше и был представлен на конкурс ректором Академии А. В. Горским, а Алексея Петровича представлял профессор В. Д. Кудрявцев.[7]
В 1879 г. А. П. Лебедев защитил докторскую диссертацию по теме «Вселенские соборы IV и V веков. Обзор их догматической деятельности в связи с направлением школ Александрийской и Антиохийской».[8] В этом же году он был сделан ординарным профессором МДА. Такое быстрое продвижение было следствием признания Академическим советом неординарных способностей Алексея Петровича.
Николаевские времена в целом не были благоприятными для появления многочисленных трудов по церковной истории. На первом месте в системе богословских наук стояло догматическое богословие.[9] Эта старая школа направлялась и опекалась митрополитом Московским Филаретом, который не приветствовал новых научных поисков в стенах Московской Духовной Академии. Единственным авторитетом в области истории церкви был А. В. Горский. Но даже среди профессоров на первом плане были богословы, которые и определяли научное лицо Академии. Церковно-историческая наука, по словам А. А. Спасского, питалась только в стенах МДА «как нежный цветок, нуждающийся в постоянном уходе, в закрытой от свежего воздуха оранжерее».[10]
При императоре Александре II богословская наука вообще и церковная история в частности получили должный стимул к развитию. Не последнюю роль тут сыграл новый устав, введенный в 1869 г. Прежнее беспорядочное преподавание наук, с опорой на богословско-философские, было заменено прочной системой. Все богословские науки разделены были на 3 группы: собственно богословие, церковно-практические и церковно-исторические дисциплины. Студенты Академии получили возможность систематизировать свои знания и определяться по одному какому-либо направлению, не отвлекаясь на побочные темы. Профессора также могли теперь заняться изучением одной какой-то дисциплины.