Фундамент курса собственно философской эстетики был заложен годом позже, когда в Японию приехал американец Эрнст Феноллоса (1853–1908), выпускник философского факультета Гарвардского университета. Феноллоса читал целый ряд философских дисциплин: историю западной философии, логику, эстетику (главным образом кантианскую). Среди его слушателей были такие выдающиеся мыслители Японии, как Иноуэ Тэцудзиро (1855–1944) и упоминавшийся выше Окакура Какудзо (Тэнсин). После Феноллосы курс эстетики и истории искусств вёл англичанин Чарльз Лоттон, и хотя его лекции носили скорее искусствоведческий характер, они сыграли немаловажную роль в ознакомлении и первичной систематизации знаний японцев о западноевропейском изобразительном искусстве, музыке и литературе. В 1882 г. эстетика получила новое японское название –
Период 1895–1901 гг. составил целую эпоху в истории преподавания эстетики в Токийском университете Тодай. Именно в это время были заложены основы практической методологии учебных курсов русским учёным (этническим немцем) Рафаэлем фон Кёбелем (1848–1923), читавшим лекции по эстетике античности (Платон, Аристотель, Плотин), по средневековым эстетическим учениям Запада, а также по эстетике немецкой классической философии и несциентистских направлений новой философии.
Энциклопедически образованный учёный и талантливый педагог Кёбель сыграл значительную роль в процессе становления Института, поскольку именно с его лекций началось преподавание сквозного систематического курса истории основных направлений философско-эстетической мысли Запада. Произведения Кёбеля – первого систематизатора западного историко-философского и эстетического материала для Института эстетики университета Тодай – вошли в золотой фонд японской эстетики. Таким образом, у истоков японской философско-эстетической науки стояли три человека: Тояма Сёити, Эрнст Феноллоса и Рафаэль фон Кёбель.
Представители последующих поколений профессуры Института так же, как и его основоположники, зарекомендовали себя незаурядными учёными. Помимо интенсивной исследовательско-преподавательской деятельности они занимались переводами наиболее выдающихся произведений мировой философской мысли и образцов западной классики. Одним из этих профессоров был Оцука Ясудзи (1868–1931), читавший в течение 1901–1922 гг. курс по эстетике художественной литературы.
В Институте преподавал также известный писатель Мори Огай (1862–1922), автор многочисленных романов и перевода на японский язык «Фауста» Гёте. Вместе с популярным писателем Нацумэ Сосэки он выступил против Цубоути Сёё, автора трактата «Сокровенная суть
Одновременно с Оцукой Ясудзи в качестве профессора Института на протяжении десяти лет работал Такаяма Риндзиро (псевдоним Тёгю, 1871–1902), переводивший сочинения Ницше. В 1911 г. в его переводе вышла книга «Так говорил Заратустра». Такаяма испытал влияние ницшеанских идей, в частности идеи «инстинктивизма», и являлся адептом философии японизма
К сторонникам искусствоведческих методов в эстетике принадлежал и Окакура Тэнсин, читавший лекции в Институте во времена Оцуки и Такаямы.