Чудовищные гонения, невозможность собираться вместе для выработки единого соборного мнения со временем привели к тому, что старообрядцы стали разделяться на толки, или согласия. Особенно остро стоял вопрос о священниках. После расправы над епископом Павлом Коломенским весь русский епископат, устрашенный его участью, оказался на стороне реформаторов. Правда, некоторые епископы, как, например, Макарий, митрополит Новгородский (ум. в 1663 г.), или Маркелл, архиепископ Вологодский (ум. в 1663 г.), в душе были против никоновской «реформации», но вместо открытого выступления они предпочитали своего рода саботаж, затягивая проведение реформ в своих епархиях и рассылку новопечатных книг по приходам. Лишь епископ Вятский Александр, хотя и подписавший постановление собора 1656 г., впоследствии дерзнул открыто выразить свое несогласие с реформами – когда Никон уже самовольно оставил патриарший престол и отношения между бывшим патриархом и царем Алексеем Михайловичем стали весьма напряженными. Епископ Александр собирал материалы для обличения никоновских реформ, проводил большую кропотливую работу по сличению книг дониконовской печати с новопечатными (эти материалы широко использовались впоследствии старообрядческими писателями), а в 1663 г. направил царю пространное послание, в котором обличал Никона и затеянную им книжную «справу» (видимо, тогда он всерьез считал, что реформа – исключительно никоновская «затейка»). Однако на соборе 1666—67 гг. картина стала окончательно ясной, и епископу Александру не без давления сверху пришлось отказаться от своих обвинений и признать постановления «разбойничьего» собора. К чести епископа нужно сказать, что он не долго задержался на своем месте – 8 января 1674 г. он сложил с себя управление Вятской епархией и удалился на покой в Николо-Коряжемский монастырь, где принял схиму с именем Андрей и до самой своей смерти в 1678 г. каялся «о прежнем своем поползновении».
Со смертью Александра Вятского епископов-староверов не осталось, следовательно, новых священников рукополагать было уже некому, а старые постепенно умирали. Неизбежно возникал вопрос о дальнейшей судьбе Русской Церкви. Собственно, поиски ответа на этот вопрос и привели к разделению в старообрядчестве. Часть ревнителей старой веры пришла к выводу, что с 1666 г. (дата злополучного собора, предсказанная в авторитетной для старообрядцев «Книге о вере») в мире воцарился антихрист и настали последние времена, а как следствие этого – священство лишилось благодати и некоторые церковные таинства безвозвратно утрачены. Следовательно, исповедники истинной православной веры должны бежать от мира в глухие, безлюдные места, беречься его соблазнов и, сохраняя себя в чистоте и непоколебимой преданности старине, дожидаться Страшного Суда. Это мировосприятие стало основой общества староверов, не имеющих священства и получивших название «беспоповцев».
Но была и другая часть староверов, которая, признавая, что с никоновской «реформации» официальная церковь отошла от истины, все же сочла возможным (после совершения соответствующего чина, «исправы») принимать от нее священнослужителей в сущем сане. Такую практику впервые ввел на Ветке священник Феодосий, приняв в 1695 г. (видимо, из родственных чувств) своего брата Александра, рукоположенного уже по новым книгам. Это направление условно стали называть «беглопоповским» (или просто «поповским»).
Вместе с тем, примерно до середины XIX в. в некоторых старообрядческих согласиях еще жива была вера в то, что где-то существует истинное священство и сохранилось православное царство – так появились легенды о Беловодье и невидимом граде Китеже. Староверы различных согласий принимали участие в совместных соборах, обсуждавших проблемы поиска архиереев, и даже предпринимали экспедиции на Восток и Балканы. Эти поиски продолжались около 150 лет, но – увы! – никаких положительных результатов не принесли.