Уже к концу 4-го века, при императоре Феодосии I (346395)
христиане из преследуемых превратились в преследователей адептов языческих культов. В 380 году Феодосий провозгласил христианство господствующей религией империи, в 391 году запретил все языческие культы и ереси, а в 394 году – языческие олимпийские, дельфийские, истмийские и другие спортивные и культурные состязания и праздники (еще в 380 г. на Лаодикийском соборе светские зрелища были осуждены церковью как „безбожная мерзость“). Христиане сполна, по принципу „око за око, зуб за зуб“, отомстили прежним своим языческим хулителям и гонителям, дотла сокрушив их древний и величественный культовый мир. Они разрушили огромное количество языческих храмов и уничтожили тысячи прекрасных образцов античной культуры: стадионы, библиотеки, скульптуры богов и героев, картины, фрески и рукописи древних языческих ученых и мыслителей. Так, например, в 391 г. христиане разгромили храм Аполлона в Дельфах и храм Сераписа в Александрии, а также сожгли большую часть рукописей Александрийской библиотеки – крупнейшего в древности (до 700 тыс. томов) хранилища рукописных философских, научных и религиозных книг.В 415 г. н.э. христианскими фанатиками по наущению архиепископа Александрии Кирилла (позднее он был возведен церковью в ранг святого) была убита Гипатия (Ипатия) – женщина-ученый, математик, астроном и философ-неоплатоник, последний руководитель александрийского Мусейона (храма муз и наук). С нее, с живой, фанатики, ослепленные ненавистью к просвещенным, здравомыслящим людям, содрали кожу острыми морскими раковинами. Эта женщина стала в истории науки символом борьбы со слепой религиозной верой, невежеством и насилием христианства по отношению к другим верованиям и к самой науке. Она стала для набирающего силу христианства одной из первых, но далеко не последних его жертв среди ученых и свободомыслящих людей. Позднее, уже в средние века христианская католическая церковь создала для борьбы с ересями, инакомыслием и атеизмом специальный судебноследственный орган – инквизицию
(от лат. inquisitio расследование). Начало ей положил в 1183 г. веронский церковный консилиум, провозгласивший в целях „чистоты доктрины и обычаев“ судебное преследование еретиков, включая их официальное наказание за ересь путем сжигания на костре. Это решение было подтверждено папой Иннокентием III в 1215 году на четвертом Латеранском соборе в Риме, а в 1224 году – синодом в Тулузе. Позже аналогичные решения были приняты в феодально-раздробленной Европе и другими многочисленными духовными и светскими властями. В 1231 году инквизиция была передана папой Григорием IX в введение нищенствующего доминиканского ордена, созданного в Испании в 1216 г. специально для борьбы с еретиками (доминиканцы, или братья- проповедники, называли себя „псами господа“, разыскивающими и наказывающими еретиков). В 1245 г. на лионском церковном соборе были одобрены все методы инквизиции, особенно применение к еретикам жестоких пыток и смертной казни. За семь веков деятельности инквизиции на ее кострах в европейских и других странах (включая испанские и португальские колонии в Латинской Америке) было заживо сожжено великое множество людей: ученых, мыслителей, общественных и церковных деятелей, „колдунов“ и „ведьм“, еретиков и простых людей, подпавших под подозрение „псов господних“ или местных религиозных доносчиков из-за своих неординарных мыслей, поступков, образа жизни или даже особенностей своей внешности (см. Григулевич И.Р. „Инквизиция“, Хуан Антонио Льоренте „История испанской инквизиции“, Г. Ч.Ли „История инквизиции в средние века“, С.Г.Лозинский „История инквизиции в Испании“).