Каждый камень, каждая кочка на предполагаемом месте строительства крепости были тщательно обследованы. Кондратенко рассмотрел более двадцати типичных исходных вариантов, известных инженерной науке и наиболее приемлемых для его проекта, но в каждом находил серьезные недостатки. Многие из готовых проектов опирались на идею неприступности самой крепости, не учитывая ее главного назначения — зашиты определенного района, в котором она располагалась. Исходя именно из этого, Кондратенко основное внимание уделил правильному расположению батарей, которые могли вести перекрестный огонь без серьезных маневров, оставаясь при этом достаточно защищенными. Основной задачей для них было прикрытие всего укрепрайона, а не только собственно крепости.
Решив эту главную задачу, Роман Исидорович с не меньшей дотошностью принялся разрабатывать проекты всевозможных подсобных помещений — укрытий для личного состава, мастерских, кладовых, пороховых погребов. Достаточно хорошо изучив абхазскую низменность, позаботился он и об устройстве вентиляции помещений, погребов хранения боеприпасов, так как климат Батума отличался чрезмерной влажностью. Каждая, даже самая незначительная деталь проекта была обсчитана им самостоятельно. Вскоре он мог без труда на глаз определить, сколько и какого материала потребуется для проведения тех или иных работ, какое время они займут и какого количества людей потребуют. Через двадцать лет, в Порт-Артуре, эта способность окажется для него неоценимой.
В конце 1883 года проект был окончен. Кондратенко откомандировали в Главное инженерное управление отстаивать проект. Он пробыл в Северной столице несколько месяцев. Многим не понравилось в его проекте отступление от общепринятых правил. Другие, в основном молодежь, увидели в нововведениях большой и несомненный успех. В целом проект был принят. Вскоре Кондратенко получил чин штабс-капитана.
Творческая работа закончилась. По возвращении в Батум назначенный исполнителем работ в Чорохской военно-инженерной дистанции Кондратенко сразу же окунулся в гущу будничных дел.
Это был небольшой, но очень неприятный отрезок времени в жизни Романа Исидоровича. И дело не в том, что ему приходилось заниматься канцелярщиной, копаться в накладных, определять участок работ и руководить их исполнением, договариваться с подрядчиками и десятниками. Черновой работы Кондратенко никогда не боялся, выполнял ее старательно и умело. Более того, находил и в ней элементы творчества. Все было гораздо сложнее. Впервые он так близко, можно сказать, вплотную столкнулся с откровенным взяточничеством и воровством, которыми был насквозь пронизан военно-бюрократический аппарат. Подрядчики, все без исключения, воровали. Причем делали это в открытую, так как были уверены, что начальство, как военное, так и гражданское, покроет их. Уверенность покоилась на чистогане, который незаметно переходил в карманы военных мундиров и штатских сюртуков и воплощался в прекрасные дачи, возникающие на берегу моря, владельцами которых были ничем не примечательные поручики и капитаны. При скудном жалованье и существующей в Батуме дороговизне они едва ли могли и мечтать о таких покупках честным путем.
Сначала Роман Исидорович считал, что ему просто не везет с подрядчиками. Вскрыв махинации двух из них, он обратился с рапортом по команде. К удивлению, после этого имел разговор со старшим инженером, который намекнул ему, что не надо совать нос, куда не следует, а лучше самому подумать о материальном благополучии. Видя, как процветает казнокрадство, Кондратенко терял самообладание. Честный, непримиримый к лицемерию, он вскоре порвал отношения со многими сослуживцами и прослыл на дистанции сварливым и неуживчивым офицером.
Началась неприкрытая травля строптивого штабс-капитана. С тоской вспоминал Кондратенко кадетские споры, юношеские мечты. Даже недавняя работа над проектом крепости казалась бесконечно чужой. С некоторого времени он стал замечать холодность и со стороны начальника дистанции, которого уважал и который, как ему казалось, оставался едва ли не единственным порядочным человеком в этом гнуснейшем муравейнике. Причина этой холодности скоро выяснилась. Начальник сам погрел руки на одном из подрядов и теперь опасался выпадов со стороны молодого офицера.
Апогеем конфликта явилось столкновение Романа Исидоровича с одним из подрядчиков, молодым армянином. Кондратенко принимал от него выполнение работ в одном из опорных пунктов. Тут же собрался любопытствующий гарнизон во главе с прапорщиком. Подрядчик, весело улыбаясь и потирая пухлые руки, вертелся вокруг Романа Исидоровича, всем своим видом показывая, что дела у него идут блестяще.