6-е отделение занималось техническим обеспечением (в частности, изготовлением документов для тех, кто направлялся во вражеский тыл). Сказалась кадровая реорганизация и на других отделах Управления. Этим же приказом заместителем начальника следственной части был назначен старший лейтенант госбезопасности С.Т. Хорсун, который с началом войны стал заместителем Кожевникова и возглавил оперативную группу (часть) разведывательного отдела в Малой Вишере. Начальником секретно-политического отдела стал старший лейтенант ГБ С.К. Якушев, который с началом войны был назначен руководителем оперативной группы УНКВД Старорусского направления
[4], с января 1943 года вновь возглавлял СПО, а после его расформирования в апреле 1943 года в связи с очередной реорганизацией ведомства стал начальником контрразведывательного отдела по Ленинграду. В начале 1945 года он становится заместителем начальника УНКВД ЛО.Следующим важным этапом в подготовке Управления к войне явились мероприятия по внедрению в практику повседневной работы требований изданного в соответствии с директивой НКГБ СССР приказа начальника Управления № 0012 от 3 апреля 1941 г. «Об агентурно-оперативной и следственной работе». Руководящему и оперативному составу предписывалось сосредоточить усилия исключительно на решении главных разведывательных и контрразведывательных задач путем организации «высококачественной агентурной работы», являющейся «залогом успешной деятельности по обеспечению государственной безопасности нашей Родины». Проще говоря, следовало усилить работу по подготовке агентуры с учетом возможной деятельности в условиях войны и оккупации.
Директивой НКГБ органы государственной безопасности освобождались от всякой другой, не имеющей непосредственной связи с решением главных задач работы, что давало возможность все «внимание сосредоточить на борьбе со шпионажем, террором, диверсией, вредительством, антисоветскими формированиями и их подрывной деятельностью». Ниже публикуемый текст приказа достаточно убедительно свидетельствует об изменении направленности деятельности Ленинградского управления.