После утверждения плана работа по нему неукоснительно продолжалась, и 23–25 сентября 1941 г. все начальники райотделов УНКВД представили Меркулову специальные сообщения о ходе ее выполнения. Тем не менее он потребовал к 30 сентября дать в письменной форме ответы на ряд вопросов касательно подробностей реализации плана: о степени готовности отдельных мероприятий, в частности, о выделении инструкторов и проведении с ними инструктажей по использованию взрывчатых веществ, о наличии взрывчатки, готовности связных и т. д. Особое внимание уделялось необходимости налаживания взаимодействия с предприятиями энергетического блока, связи и водопровода.
Как всегда в подобного рода случаях, остро стоял вопрос конспирации, а также готовности органов внутренних дел к пресечению любых попыток сопротивления со стороны рабочих и персонала предприятий. Это было связано с работой вражеской пропаганды: немцы в своих листовках призывали население города не допустить уничтожения ленинградских заводов, подчеркивая, что тем самым уничтожаются «средства, необходимые для восстановления вашей родины». В одной из листовок немецкие пропагандисты призывали ленинградцев «собраться с силами и занимать свои фабрики и заводы» и сопротивляться «преступным поджигателям и взрывателям».
В докладных записках начальников райотделов УНКВД указывалось, что подготовку к проведению спецмероприятий удалось в целом провести скрытно от населения, хотя очень маловероятно, что такую масштабную операцию удалось полностью законспирировать. По крайней мере партийный актив и специалисты наверняка о ней не просто догадывались, но и знали.
Материалы немецкой разведки свидетельствуют о том, что и противник был осведомлен о проводившихся в городе мероприятиях, о чем свидетельствуют, например, уже упоминавшиеся листовки. Тем более что речь шла об уничтожении не только важных оборонных и промышленных предприятий, но и соединяющих районы города мостов — эта часть плана обеспечивалась воинскими частями по указанию Военного Совета Ленинградского фронта. Так, в донесении военной разведки штаба 18-й армии о положении в городе в период с 25 сентября по 3 октября 1941 г. говорилось о том, что «предприятия, мосты, а также, по-видимому, водопровод заминированы и подготовлены к взрыву представителями центральных органов». Впрочем, никаких разведданных в данном случае не требовалось: едва ли хотя бы один военный мог сомневаться в том, что в случае оставления города мосты будут взорваны. Кстати, немецкая разведка в 1942 году, направляя своих разведчиков в Ленинград, ставила перед ними задачу выяснить, какие объекты продолжают оставаться заминированными.
По «плану „Д“» во избежание возможного сопротивления со стороны персонала предприятий при реализации спецмероприятий предполагалось обеспечить постоянную охрану объектов силами особо проверенных и надежных рабочих или же до введения в действие плана вывести оттуда всех рабочих и служащих. Кроме того, районные отделы УНКВД проводили дополнительные оперативные проверки исполнителей.
Улучшение положения на фронте к началу октября 1941 года привело к изменению настроения некоторых руководителей предприятий, которые не спешили выполнять все рекомендации бригады НКВД СССР. Обращаясь к Кузнецову, Меркулов напоминал, что «в соответствии с данным нам заданием… вне зависимости от обстановки на фронте, все предприятия должны быть полностью готовы к проведению специальных мероприятий». Уполномоченный ГКО просил «принять соответствующие меры в отношении секретарей горрайкомов, обязав их в кратчайший срок закончить осуществление разработанных планов».
Выявленные бригадой НКВД СССР и районными отделами УНКВД Ленинграда недочеты были обобщены и доведены до сведения Кузнецова 3 октября 1941 года. В частности, указывалось, что на ряде предприятий по-прежнему не разработаны и не утверждены районными тройками соответствующие планы, на объектах не хватает взрывчатки и детонирующего шнура, исполнители далеко не везде переведены на казарменное положение и проинструктированы. Почти во всех районах нет взаимодействия между предприятиями и районными комитетами ВКП (б), с одной стороны, и системами Ленэнерго, телефонной сети и водопровода — с другой.
Подводя итог проделанной по «плану „Д“» работы, можно констатировать, что горкомом ВКП (б) и Военным Советом Ленинградского фронта была выдержана установка ГКО о недопущении как преждевременности проведения мероприятий, так и опоздания с их осуществлением. В конечном счете, благодаря стабилизации Ленинградского фронта не состоялись ни первое, ни второе.
Оценивая значимость «плана „Д“», можно добавить и то, что он сыграл важную роль в повышении эффективности работы предприятий и улучшении дисциплины в рабочих коллективах.