Являясь чиновником Министерства внутренних дел, Е.В. Богданович на протяжении ряда лет занимался изучением революционных организаций в России. При этом зачастую он действовал по собственной инициативе. Так, бывая по поручениям в командировках, Е.В. Богданович, по его словам, смог изучить «многое в общественной и частной жизни населения». Когда в 1874 году он объехал ряд губерний по вопросу об устройстве речной полиции, то по возвращении представил министру внутренних дел генерал-адъютанту А.Е. Тимашеву особую записку о признаках политического брожения. Обстоятельнейший доклад «О настроении умов в некоторых слоях населения» он представил в 1880 году в Верховную распорядительную комиссию. Записка аналогичного содержания «О положении рабочих и других слоев населения, об их политическом настроении и о мерах борьбы с этим» была составлена Е.В. Богдановичем для обер-прокурора Синода К.П. Победоносцева. Среди конкретных мер, которые предлагал Богданович для профилактики увлечения рабочих и крестьян революционными учениями, значилось выделение средств для развития в деревне кустарных промыслов, расширения «полезных отраслей промышленности» и открытия общественных работ.
Однако в своей деятельности Е.В. Богданович не всегда был успешен. Так, в 1887 году он впал в немилость императора Александра III и был уволен со службы. Сам Е.В. Богданович объяснял свою отставку «интригами из Берлина» и неприятием его деятельности среди ряда чиновников Министерства иностранных дел. Возможно, на его отставке сказался тот факт, что Е.В. Богданович по своим политическим предпочтениям был ярко выраженным франкофилом и германофобом. Недругов у Е.В. Богдановича всегда хватало.
Однако отставка длилась недолго, и уже в 1888 году Е.В. Богданович был возвращен на службу, произведен в тайные советники и назначен членом совета министра внутренних дел. В последние шесть лет правления он пребывал в несомненном фаворе у Александра III, который регулярно награждал его орденами и ежегодно отмечал высочайшей благодарностью публицистическую деятельность Е.В. Богдановича.
Свою государственную службу Е.В. Богданович закончил в чине генерала от инфантерии, кавалером орденов Святой Анны 2-й степени, Святого Александра Невского, Белого орла и многих других, почетным гражданином многих губернских городов, являлся почетным членом лейб-гвардии стрелкового Императорской Фамилии полка.
Однако наиболее широкую известность Е.В. Богданович получил не за свои служебные успехи, а за свою общественную и журналистскую деятельность. Перу Е.В. Богдановича принадлежат книги: «Наварин». «Синоп», «Гвардия Русского Царя на Софийской дороге», «Стрелки Императорской Фамилии», «Россия на Дальнем Востоке», сборник проповедей «Кафедра Исаакиевского собора» и т. д. Бесплатные брошюры Е.В. Богдановича «для войск и народа» и статьи, посвященные различным памятным датам, историческим событиям, расходились по всей стране. Особые экземпляры выделялись для императора, министров, других высокопоставленных деятелей. Кроме того, он наладил издание художественных буклетов на религиозные и исторические сюжеты для распространения в простом народе. Брошюры Е.В. Богдановича выступали в качестве противовеса революционной пропаганде. За несколько лет вышли «десятки миллионов книжек, картин и листов для бесплатной раздачи по поводу важнейших событий». Так, в сентябре 1902 года, в ответ на распространение прокламаций на Николаевской железной дороге, 15 000 экземпляров брошюр генерала были розданы железнодорожникам. Энтузиазм генерала в деле налаживания издания брошюр и картин поражает и сегодня. К примеру, летом 1911 года, будучи практически слепым, Е.В. Богданович совершил поездку в Киев, где организовал заготовку огромного количества литературы для раздачи народу во время пребывания императора на торжествах в Киеве.
Патриотическая подвижническая деятельность Е.В. Богдановича подвергалась ожесточенной критике со стороны либеральной интеллигенции. К примеру, известный юрист-либерал А.Ф. Кони писал о Богдановиче так: «Это был знаменитый полковник Богданович… издатель елейно-холопских брошюр, которыми впоследствии, вымогая себе субсидии от правительства, он усердно и широко отравлял самосознание русского народа».