Серьезный конфликт произошел у Муравьева с Юрием Михайловичем Коцюбинским, бывшим прапорщиком российских войск, сыном классика украинской литературы. Ю.Коцюбинский в 1913 году стал большевиком, а уже в декабре 1917 года — исполняющим обязанности народного секретаря по военным делам правительства Советской Украины. С 19 января 1918 года правительством Советской Украины Коцюбинский был назначен главнокомандующим войск Советской Украины, а фактически войск Советской России на территории Украины. Однако Коцюбинский только прикрывал своим громким именем действия российских войск, придавая им характер украинских советских войск. Его пост был чисто формальным, а наступлением против Центральной Рады командовал Муравьев. К тому же Муравьев отказался подчиняться Коцюбинскому, чем вызвал праведный гнев всего Народного секретариата Советской Украины. Против Муравьева выступил и Виталий Примаков — командир красного казачества, жена которого Оксана была родной сестрой Юрия Коцюбинского.
Ленинский кабинет, ведя сложную игру «в украинский суверенитет», переложил ответственность за действия войск Муравьева — Антонова-Овсеенко на большевистское правительство Украины, хотя войска и не думали подчиняться «украинским товарищам». После взятия Киева революционные солдаты посчитали, что война уже выиграна, и потребовали немедленной демобилизации. Они были неуправляемы, и никакие суровые приказы Муравьева не могли заставить их оставаться в частях. Так, 2-й гвардейский корпус самодемобилизовался, не оставив советским красным командирам ни одного бойца. Армия Муравьева оказалась непригодной к ведению дальнейших боевых действий и была фактически расформирована. В ней осталось только около трех тысяч штыков. Диктатор Муравьев раздражал как правительство Советской Украины, так и советские власти Киева. Вскоре Муравьев и его поредевшее «воинство» приказом Ленина было выведено с киевского района и брошено в Приднестровье, под город Тирасполь, который силились захватить войска Румынии. Ленин назначает Муравьева главнокомандующим «Особой революционной армии по борьбе с румынской олигархией».
В докладе Ленину Муравьев, считая себя главным красным маршалом, сообщал: «…думаю начать формирование Социалистической армии из рабочих для того, чтобы при первом зове восставших рабочих Германии, Австрии и других стран мы могли бы подать руку помощи нашим братьям рабочим. Всеми моими победами в Украине я обязан Красной гвардии, но не солдатам, которые принесли мне и наркому Антонову массу неприятностей и огорчений». Муравьев мечтал возглавить поход в Европу, грезил о всемирной революции.
В двадцатых числах января 2-й большевистский корпус красных фронтовиков, захватив Винницу, двинулся на Киев с запада. Он не встретил серьезного сопротивления по причине полного разложения сил УНР, прикрывавших Киев с запада. Части УНР в этом районе спешно демобилизовывались. Назначенный командующим 1-м украинским корпусом генерал Я. Ганзюк был вскоре заменен новым командующим — прапорщиком Биденко. Оборона Киева с запада была построена на удержании линии железной дороги Шепетовка — Бердичев — Фастов — Белая Церковь. С 30 января по 8 февраля 1918 года 1-й украинский корпус отбивал наступление на Фастов 2-го большевистского фронтового корпуса. Но когда стало ясно, что Киев пал, части 1-й дивизии 1-го украинского корпуса отошли на Житомир. Этим воспользовались отряды 2-го красного фронтового корпуса, разгромив штаб 1-го украинского корпуса в селе Мостите, расстреляв двух украинских генералов: бывшего командира корпуса Ганзюка и начальника штаба корпуса Сафронова.
В момент отступления украинских войск из Киева в соседнем с Киевом местечке Фастов находились остатки 2-го гвардейского фронтового корпуса — 7 тысяч штыков под предводительством большевиков. Силами этого корпуса можно было легко перекрыть дорогу республиканцам на Житомир и окружить отступающих из Киева. Но и этого не было сделано.
Решающим в эти дни фактором стало нежелание солдат продолжать «непонятную» войну и крайнее разложение войск, которые кинулись грабить киевскую буржуазию… Наступавших испугали серьезные потери при штурме Киева. В то же время приказа о поимке главных врагов почему-то не было дано. Почему-то руководство большевиков посчитало, что захват Киева — это и есть полный разгром Центральной Рады и конец кампании.
После Киева. Бои на Волыни
27 января 1918 года Муравьев телеграфирует Ленину: «Остатки войск Рады отступили на Житомир, где Петлюра и Порш вербуют из гимназистов дружину, но, конечно, мы не придаем этому значения. Я приказал частям 7-й армии перерезать путь отступления — остатки Рады пробираются в Австрию…» Почему-то приказ о поимке Рады был отдан именно частям 7-й большевистской армии, из которых в строю осталось только 1300 штыков и сабель и которая находилась далеко от Киева — в Сарнах (на Волыни) и была занята борьбой с 1-й украинской бригадой (700 штыков). Сил 7-й армии было недостаточно для борьбы с Радой, и ее части просто не могли выполнить подобный приказ…