По сравнению с «Востоками» и «Восходами» существенно изменился и перечень бортовых систем космического корабля «Союз». Одной из основных систем корабля является система ориентации и управления движением. Она обеспечивает ориентацию корабля в пространстве, стабилизацию при работе двигателей и управление при коррекции орбиты, сближении с другим космическим аппаратом и маневрировании вблизи него. Система может работать как в автоматическом режиме, так и в режиме ручного управления. Она включает: ряд датчиков ориентации и оптический визир-ориентатор, гироскопические приборы и электронные счетно-решающие блоки управления, радиотехнические средства поиска и наведения при сближении и систему исполнительных органов – двигателей малой тяги.
Для обеспечения постоянного освещения солнечных батарей предусмотрен режим их ориентации на Солнце за счет придания кораблю вращения относительно оси, направленной на Солнце, со скоростью несколько градусов в секунду. Энергоснабжение бортовой аппаратуры осуществляется централизованной системой электропитания.
Корабль «Союз» оснащен комплексом радиотехнических средств, обеспечивающих: определение параметров орбиты, прием команд с Земли, двустороннюю радиотелефонную и телеграфную связь космонавтов с Землей в различных диапазонах волн, передачу на Землю телевизионного изображения из отсеков корабля и внешней обстановки, наблюдаемой космонавтами.
Бортовая телевизионная система имеет 4 камеры (две в отсеках корабля и две снаружи) и обеспечивает качественную передачу телевизионного изображения нормального стандарта (625 строк при 25 кадрах в секунду) с возможностью непосредственной передачи в наземную телевизионную сеть.
Космический корабль «Союз» оснащен стыковочным агрегатом и бортовыми системами для автоматической и ручной стыковки.
Управление бортовыми системами корабля может проводиться космонавтами с пульта, а также автоматически - по командам, передаваемым с Земли.
Многоканальные телеметрические системы корабля обеспечивают передачу большого объема информации. При полете корабля вне видимости наземных приемных пунктов измерительная информация сохраняется в бортовых запоминающих устройствах и передается на Землю в очередном сеансе радиосвязи.