Но тут опять отсутствие адаптации Георгия Тимофеевича к условиям невесомости сыграло роковую роль. Координация его движений была все еще нарушена, он нечаянно зацепил одну из ручек управления. Включились двигатели. «Союз-3» начал вращаться. Береговой сразу же точно оценил ситуацию и вернулся к активному управлению кораблем, пытаясь восстановить его ориентацию. Это было сделать очень сложно, поскольку «Союз-3» по-прежнему совершал полет на теневой части орбиты. В течение трех минут космонавт настойчиво выправлял крен. Наконец, ему удалось сориентировать «Союз-3» в требуемое программой полета положение. Но на эту операцию космонавт израсходовал около 40 килограмм топлива. Георгий Береговой понял, что продолжать дальше сближение двух космических объектов уже просто опасно – запасы топлива на корабле упали до критической отметки. Рабочее тело – перекись водорода - для системы ориентации и стабилизации «Союза-3» было израсходовано практически полностью.
Уже после полета, на заседании Государственной комиссии, Георгий Береговой анализировал свои действия на участке сближения двух космических аппаратов:
«С 200 метров я стал управлять причаливанием вручную. Корабли сблизились до 30-40 метров. В этот момент я ясно увидел, что бортовые огни «Союза-2» образуют трапецию, и я никак не могу загнать их на одну линию. Я понял, что стыковки не будет, и решил «зависнуть» и ждать рассвета (т.е. выхода «Союза-3» из теневой на освещенную Солнцем сторону Земли - С.Ч.). На светлой стороне Земли я увидел вблизи «Союз-2», но курсы кораблей расходились на 30 градусов».
Космический корабль вышел на освещенную часть орбиты, радиосвязь с Землей восстановилась. Как только корабли вновь появились в зоне связи, все поняли, что «слепая» - на затемненной части орбиты - стыковка двух космических аппаратов не состоялась.
«Казалось, все идет очень хорошо: через полтора часа после пуска «Союза-3» корабли должны пройти над нами жестко состыкованными, - вспоминал генерал Каманин. - Но вот голос Берегового разбивает все наши надежды: «Стыковка не произошла из-за рассогласованности кораблей по курсу…»