Казалось бы, все шло хорошо, но… В конце декабря поступило новое «ценное указание» из партийных верхов: секретарь ЦК КПСС Дмитрий Федорович Устинов в предстоящем космическом полете рекомендовал заменить ручную стыковку двух кораблей полностью автоматической. После неудачи Георгия Берегового на «Союзе–3» советское руководство не слишком верило в то, что космонавты смогут выполнить сложную программу полета. Автоматы казались партийным чиновникам более надежными, чем многие годы готовившиеся к полету космонавты.
Во время обсуждения пожелания Устинова на заседании Государственной комиссии дебаты были бурными. Георгий Береговой занял четкую и бескомпромиссную, но вместе с тем и мудрую позицию:
«Мне трудно высказываться по этому вопросу. В полете на «Союзе-3» я должен был защитить космонавтов от засилья автоматов, но этого у меня не получилось. Причины моей неудачи вам известны, и все же я за ручную стыковку и против излишней автоматизации кораблей. У американцев возможности автоматики намного лучше наших, и все-таки они все основные операции по управлению полетом корабля поручают астронавтам».
Мнение заслуженного космонавта сыграло свою роль. Против «рекомендации» товарища Устинова единогласно выступили и оба экипажа, которые готовились к стыковке в космосе, - и основной, и дублирующий. Секретарю ЦК партии пришлось уступить мнению космонавтов.
25 декабря 1968 года готовившиеся к космическому полету космонавты под руководством Георгия Берегового провели тренировки в кабине кораблей «Союз». Они проверили все виды связи на различных этапах полета (старт, одиночный полет, полет состыкованных кораблей, переход из корабля в корабль), а также связь космонавтов с Землей из открытого космоса. Кроме того, были проиграны действия экипажей в различных нештатных ситуациях.
Итоги «звездного рейса» Георгия Берегового нашли свое отражение в подготовке космического полета кораблей «Союз-4» и «Союз-5». Теперь программа предстоящей экспедиции была скорректирована с учетом всех тех факторов, которые помешали Георгию Тимофеевичу Береговому в октябре 1968 года выполнить стыковку двух космических аппаратов.
Но всего, как известно, не предусмотришь. Владимира Шаталова на предполетной пресс-конференции спросили:- Что вы скажете о трудностях предстоящего полета?