Вскоре из Александровой слободы стали приходить тревожные вести. Некоторые городовые воеводы, в первую очередь рязанец П. П. Ляпунов, прямо называли молодого Скопина русским государем, царя Василия же они всячески поносили и обвиняли во всех смертных грехах. Но изменить ситуацию В. И. Шуйский не мог — у него не было ни войска, ни денег, ни достаточного количества верных сторонников. Он даже не осмеливался отправлять указы племяннику, у которого в руках были все рычаги власти, даже сбор налогов.
Радовало лишь то, что в начале 1610 года Тушинский лагерь окончательно развалился. Лжедмитрий II бежал в Калугу, его польские сторонники отправились под Смоленск служить своему королю Сигизмунду, а русские тушинцы просто разбежались.
Наконец в марте полководцы-победители торжественно въехали в столицу, восторженно приветствуемые жителями. Царь Василий и Мария Петровна притворились, что даже рады победе М. В. Скопина, но в глубине души к нему сохранялось настороженное отношение. Пиры и награждения были очень скромными, поскольку продовольствия в Москве было мало, кормить за казенный счет следовало еще и шведских наемников, которые после весенней распутицы должны были выступить против короля Сигизмунда и освободить Смоленск от блокадного кольца.
Марии Петровне стало казаться, что былые беды уходят в прошлое. Она вновь стала матерью и родила девочку, названную Анастасией. Хотя практики передачи престола женщинам не было, ее можно было удачно выдать замуж за отпрыска европейского королевского дома и закрепить за ней царскую власть. Беспокоило только слабое здоровье ребенка, ведь и отец был престарелым, и мать во время беременности испытала немало волнений и невзгод. Через несколько месяцев и этот ребенок умер.
Москвичи же наслаждались свободой и активно устраивали всевозможные домашние праздники. Самым желанным гостем на них был М. В. Скопин-Шуйский. В начале апреля сестра Марии Петровны Екатерина родила мальчика, названного Алексеем. По случаю его крестин в доме И. М. Воротынского был устроен пир. Крестным отцом младенца был приглашен Скопин, матерью — жена Д. И. Шуйского Екатерина Григорьевна. Всем было весело и радостно. В конце празднества кума, по обычаю, поднесла куму перепивальную чашу с вином. Отведав его, молодой богатырь Скопин вдруг почувствовал себя плохо. Слуги отвезли его домой, но там его состояние ухудшилось. Срочно вызвали докторов, но они ничем не могли помочь умирающему князю. Всем стало ясно, что полководец отравлен, и отрава, судя по всему, была в перепивальной чаше. Однако доказать в то время это было невозможно. Через несколько дней мучений прославленный полководец скончался. Вся Москва горевала о потере. Только в царском дворе печаль была показной. Жене Скопина Елене выдали из казны 60 рублей на похороны. Царь Василий и Мария Петровна решили, что без Скопина их престолу уже ничто не будет угрожать. Увы, они жестоко просчитались. Вскоре оказалось, что защищать и подпирать шатающийся царский трон практически некому.
Известие о смерти знаменитого воеводы заставило активизироваться и короля Сигизмунда, и Лжедмитрия II. В начале лета к Москве двинулось польское войско под началом гетмана С. Жолкевского. Против него был направлен царский брат Д. И. Шуйский, бездарный полководец, во главе боеспособных полков, включавших шведских наемников. 23 июня 1610 года у села Клушино состоялась битва, закончившаяся полным разгромом русской армии. Шведы не захотели оставаться под началом Шуйского и прямо с поля боя отправились в сторону Новгорода, который позднее захватили. Остальные русские воины едва спаслись бегством. Путь к столице оказался открытым.
Несомненно, известие о клушинском разгроме у царицы Марии могло вызвать только ужас. Становилось ясно, что их с мужем уже ничто не спасет. Москвичи каждый день готовы были поднять бунт, воинские люди разбежались, наемникам было нечем платить, а даром воевать никто из них не желал. Всем было ясно, что В. И. Шуйский обречен.
В это время из Калуги выступил с войском Лжедмитрий П. Он быстро взял сначала Пафнутьево-Боровский монастырь, потом — Николо-Угрешский и обосновался в Коломенском. Одновременно польское войско под началом С. Жолкевского достигло Новодевичьего монастыря. Сражаться с ними было некому.
Царице оставалось только молиться и утешать впавшего в отчаяние мужа. На этот раз его изворотливый ум не мог найти выхода. Ненависть подданных к нему была слишком велика. Они считали его виновным в том, что в стране уже несколько лет шла братоубийственная война и государство разваливалось на части.