Благодаря мастерству и художественному вкусу Марфы Ивановны во время венчания на царство 11 июля 1613 года Михаил Федорович выглядел превосходно. Подданные с восхищением смотрели на молодого и красивого царя, и каждый был готов отдать за него жизнь. В этом отношении он выгодно отличался и от престарелых Бориса Годунова и Василия Шуйского, и от неказистых Лжедмитриев I и II.
Внешний облик всегда играл важную роль в жизни человека. Считалось, что у царей он должен быть величественным и благородным. Невысокие и невзрачные люди не могли сделать при дворе удачную карьеру, поскольку рындами, стольниками и кравчими всегда были статные молодцы. Даже при назначении воевод главных полков учитывался облик кандидата. Воины охотнее шли в бой за представительными людьми, обладавшими высоким ростом и могучим телосложением. Таким примером был М. В. Скопин-Шуйский, молодой богатырь, пользовавшийся всенародной любовью.
Перед Михаилом Федоровичем стояло много сложных задач. Следовало прежде всего обезопасить границы государства и по возможности вернуть утраченные в Смутное время территории. Еще весной 1613 года было отправлено несколько отрядов к Смоленску, но взять город не удалось. После этого начались переговоры о перемирии, которые постоянно осложнялись вооруженными столкновениями между послами. Были предприняты попытки освободить от шведов Новгород, но удалось лишь отогнать шведского короля Густава от Пскова. Это заставило обе стороны начать переговоры. Они закончились в 1617 году подписанием Столбовского мирного договора, по которому Швеция возвращала Новгород с окружающими его землями, но оставляла за собой все Балтийское побережье.
Вполне вероятно, что именно Марфа Ивановна советовала сыну решать все проблемы мирным путем, ведь женщины никогда не были сторонниками вооруженной борьбы. Кроме того, мудрая мать учила Михаила опираться не только на знать, но и на участников Земского собора. По просьбе царя выборные от городов остались в Москве и вместе с Боярской думой стали главными его советниками. Совместно решались самые сложные проблемы, главной из которых был сбор денег для экипировки войска, которому следовало сражаться и с поляками, и со шведами, и с И. Заруцким, обосновавшимся с Мариной Мнишек в Астрахани, и с разбойничающими казаками, опустошавшими северные города. С помощью выборных представителей от городов удалось получить «пятину» — пятую часть имущества того населения, которое платило налоги, и «запросные деньги» — добровольные пожертвования.
В 1614 году Астраханское царство было разгромлено, И. Заруцкий с Мариной и ее малолетним сыном Иваном были взяты в плен. Заруцкого и Ивана казнили, а Марину заточили в башне Коломенского кремля, где она вскоре умерла. На этом авантюра Лжедмитриев окончательно завершилась.
С Польшей разрешить все противоречия было сложнее, поскольку там не признавали права Михаила на царский престол и полагали, что законным монархом является Владислав. В 1618 году королевич даже предпринял поход на Москву, надеясь, что русские люди его поддержат. Однако оказалось, что Михаил Федорович пользуется любовью народа, и поляку никто не захотел служить. Это заставило Владислава в конце 1618 года заключить Леулин-ское перемирие и вернуться домой ни с чем. По условиям договора все русские пленные получили свободу и возможность вернуться на родину. Среди них был и Филарет.
Несомненно, заключение мирных договоров со Швецией и Польшей, разгром И. Заруцкого с Мариной Мнишек и наведение порядка в северных областях было большой заслугой правительства молодого царя и Марфы Ивановны в том числе. Ведь перед принятием окончательного решения Михаил всегда обращался к матери за советом.
В стране стала налаживаться мирная жизнь. У Марфы Ивановны появилось много обязанностей. В ее подчинении оказались две слободы, Калашная и Хамовная, в которых находились мастерские по производству различных тканей. Часть тканей использовалась для нужд царского двора, часть шла на продажу, и это приносило казне дополнительные доходы. За Москвой-рекой начали возделывать огороды, где выращивались всевозможные овощи для царской кухни. Марфа Ивановна строго следила за тем, чтобы вовремя был собран урожай и сделаны заготовки на зиму. В Рубцове под ее руководством разбили обширный сад, где были посажены яблони, вишни, крыжовник, смородина и другие ягодные культуры. Плоды собирались и хранились частично в свежем виде, частично в патоке. Из некоторых ягод делали настойки, наливки, морсы и квасы. Все это вскоре наполнило царские погреба, и проблем с продовольствием уже не возникало.
Великая государыня смирилась с тем, что ей приходится проживать в Вознесенском монастыре. Там же поселилась и ее вдовая сестра, которая также приняла постриг. Поскольку во главе церкви не было патриарха, многие церковные деятели стали обращаться за поддержкой именно к Марфе Ивановне. Она помогала монастырям получить налоговые льготы, отстоять свои земельные владения во время конфликтов с другими землевладельцами и т. д.