Свадьба состоялась 16 января 1648 года. А через десять дней Борис Иванович Морозов женился на сестре молодой царицы, Анне Ильиничне Милославской. Царица Мария Ильинична была красива и, как витиевато писал С. Коллинз, украшена «драгоценными алмазами скромности, трудолюбия и благочестия». На свадьбе царь Алексей велел быть «без мест», то есть запретил вести местнические счеты. Эта мера была актуальна потому, что родня царицы Марии высокими чинами не блистала, но по своему теперешнему родству с правящим домом должна была занимать высокие места во время свадебной церемонии и за пиршественным столом.
Предок Милославских выехал в конце XIV века из Великого княжества Литовского служить Московскому великому князю Василию I. Относились они к рядовому дворянству. Дед Марии Ильиничны, Данила Иванович, служил воеводой, а отец, Илья Данилович, носил скромный чин стольника. Семья жила небогато. Передавали, что Мария в детстве сама ходила в лес по грибы, а отец торговал вином с иностранными купцами. Но, как бы то ни было, теперь фортуна повернулась к Милославским лицом. Илья Данилович тут же жалуется в окольничие, а через несколько дней и в бояре. Представители другой ветви рода, Иван Андреевич и Иван Михайлович, также позже получили боярский чин.
Личная жизнь сестер Милославских сложилась по-разному. Царица Мария Ильинична счастливо прожила двадцать лет с царем Алексеем Михайловичем, родив ему одиннадцать детей (правда, до взрослого возраста дожили два сына и шесть дочерей). Другое дело — Анна Ильинична. Она вышла замуж за всесильного тогда правителя государства. В 1648 году Борису Ивановичу Морозову исполнилось уже 58 лет, и женская судьба Анны не сложилась. От столь неравного брака детей у них не было. Причем С. Коллинз отмечает недовольство молодой и здоровой «смуглянки» Анны своим мужем. Борис Иванович жену ревновал и даже бил плетью «в палец толщиной».
Царской семье с самого начала приходилось всерьез обращать внимание на угрозу всевозможных «сглазов» и «порчи». Так, 20 июля 1648 года по указу царя Алексея был учинен розыск. Одна из царских сорочек и два «чехла» царицы Марии оказались с дырками. Опасались, что это было сделано намеренно с целью наведения «порчи» на августейшую семью. Допросили боярыню Е. Ф. Милославскую, которая кроила веши, потом шивших их мастериц и прачек. Конец дела утерян, поэтому неизвестно, чем история закончилась.
Прошло несколько месяцев со дня свадьбы, и царица Мария Ильинична стала свидетельницей одного из крупнейших в XVII столетии московских восстаний. В мае 1648 года она вместе с царем Алексеем ездила на богомолье в Троице-Сергиев монастырь. В Москву царская чета вернулась 1 июня. И туг из людской толпы, глазевшей на проезжавшую вереницу всадников и карет, отделились челобитчики, пожелавшие подать самому царю жалобу на Л. С. Плещеева. Охрана стала отгонять людей, были проведены аресты, а в ответ в царских служителей полетели камни и палки. Но это еще были «цветочки»! По-настоящему грозно события развернулись на следующий день, 2 июня.
Царь выехал из Кремля вместе с придворными и церковнослужителями, совершая крестный ход в Сретенский монастырь. Толпа москвичей поджидала Алексея Михайловича и опять стала требовать выдачи Плещеева и освобождения арестованных вчера товарищей. На обратном пути народ, озлобленный бездействием властей, буквально внес ехавшего верхом царя Алексея и его окружение в Кремль и продвинулся вплотную ко дворцу. Теперь уже восставшие требовали крови не только Л. С. Плещеева, но и П. Т. Траханиотова и даже Б. И. Морозова. Народ громил дворы и этих лиц, и их подручных из морозовской администрации. Морозов спасся тем, что спрятался в царских покоях. Чуть не пострадала сестра царицы Марии — Анна Морозова. Она попалась восставшим, которые буквально сорвали с нес драгоценности и бросили их на дорогу. Анне даже кричали, что убили бы ее, если бы не ее свойство с государем.
Много крови пролилось 2–5 июня. Москвичам были выданы Плещеев и Траханиотов, которых буквально растерзали разъяренные жители. Погибли и другие сторонники Морозова. Лишь самого Бориса Ивановича царь Алексей Михайлович буквально со слезами на глазах смог «отмолить» у народа. Всесильного «дядьку» отправили в ссылку, подальше от Москвы — в Кирилло-Белозерский монастырь. Все эти лихие дни царица Мария находилась в своих кремлевских хоромах. Благо что толпа не решалась ворваться в царские апартаменты, как это было позже, в 1682 году. Мария Ильинична была беременна, и хорошо, что напасти прошли стороной: 22 октября 1648 года она родила своего первенца, царевича Дмитрия Алексеевича.