Точно известно, что Петр I не замышлял ничего подобного. Однако царевна дала согласие на поход Шакловитого с верными стрельцами на Преображенское, где в то время находился Петр со своим двором. Василий Васильевич Голицын всячески отговаривал Софью, но она только раздражалась и упрекала князя в трусости. И вот ночью 8 августа отряд стрельцов во главе с Шакловитым занял Преображенское. Но Петра там не было. Его предупредили, и он уехал в Троице-Сергиев монастырь. Там к Петру стали стекаться войска, бояре, дворяне, приехал и патриарх Иоаким. В то же время Софью в Кремле покидали последние сторонники. И вот 29 августа она решила сама ехать к сводному брату в Троицу в сопровождении князя Голицына и других бояр. Но в селе Воздвиженском (печально известном по событиям 1682 года) ее остановили, а боярин князь И. Б. Троекуров сообщил волю Петра I: возвращаться в Москву, а если она не послушается, то с ней поступят «нечестно».
Софья поехала назад. По-видимому, она не сразу поняла, что все кончено. Вернувшись в столицу, царевна позвала к себе старослужащих стрельцов, жаловалась им на свои унижения и просила поддержки. Затем она пригласила выборных от московского посада и у них просила зашиты. Но тщетно. Никто ее не поддержал. Через несколько дней ей пришлось выдать Ф. Л. Шакловитого, которого жестоко пытали и казнили с несколькими приспешниками. Князь В. В. Голицын отделался ссылкой. За него ходатайствовал его родственник и приближенный Петра I князь Б. А. Голицын. Кроме того, очевидно, помогло пассивное поведение Василия Васильевича в ходе августовской авантюры Софьи — Шакловитого. Сильвестра Медведева пытали, поместили в монастырскую тюрьму, но через полтора года, когда выяснились новые подробности его дела, казнили. С Софьей брат Петр I встречаться не захотел. Он назвал ее в письме к Ивану V «третьим зазорным лицом» и поместил под арест в Новодевичий монастырь. Так умерла Софья-политик. Но Софья-царевна с амбициозным и твердым характером продолжала жить. Хотя царевне были предоставлены комфортные условия и она имела штат женской прислуги, вряд ли ее устраивала жизнь в монастыре. Скорее, наша героиня очень страдала, поскольку власть, которую она потеряла в жизни, являлась для нее если не всем, то почти всем.
Прошло девять лет, и, казалось, про Софью Алексеевну забыли. О ней помнили лишь близкие люди. Любимая старшая сестра, Марфа Алексеевна, через постельницу находила возможность общаться с арестанткой. В поле зрения власти бывшая правительница попала в 1698 году, когда четыре стрелецких полка, состоявшие из московских стрельцов, самовольно двинулись из-под Великих Лук в столицу. Поначалу служивые сетовали на отсутствие жалованья, голод и долгую разлуку с семьями. Их требования подогревались упорными слухами, будто царь Петр I, находившийся за границей в составе Великого посольства, «сгинул». Тут стрельцы вспомнили про царевну Софью и выступили с многочисленными призывами вернуть ее во власть. Выяснилось, что сама Софья узнала об этом только из письма сестры, царевны Марфы. 18 июня на подступах к Москве под Новоиерусалимским монастырем, на реке Истре, четыре стрелецких полка были разбиты правительственными войсками.
Началось следствие, которое вначале возглавлял боярин А. С. Шеин. В результате было казнено более ста человек, однако спешно вернувшийся из-за рубежа Петр I остался недоволен. Он возобновил розыск, считая, что заговор против него гораздо глубже и разветвленней. И вот тут-то были привлечены царевны Софья и Марфа Алексеевны и их слуги. Петр I дважды лично допрашивал Софью. Но она твердо отрицала свое участие в событиях. Царь подозревал царевну в том, что она писала к восставшим стрельцам и призывала их идти на Москву. Но подлинных писем не нашли. В противном случае Софью ждала бы плаха.
Петр I от своих подозрений не избавился и решил ужесточить режим содержания сводной сестры. 11 октября 1698 года состоялся суд над Софьей. Она была пострижена в монахини под именем Сусанна и оставлена все в том же Новодевичьем монастыре, но под более строгим надзором. Царь Петр не отказал себе в жестокой по отношению к сестре выходке. По сообщению Й. Корба, вблизи Новодевичьего монастыря было поставлено тридцать виселиц, на которых повешены более двухсот стрельцов. Трое из зачинщиков восстания были повешены на монастырской стене под самыми окнами кельи инокини Сусанны. У одного из них к рукам была прикреплена стрелецкая челобитная к царевне Софье Алексеевне. Кошмар этот продолжался пять месяцев.
Наша героиня после этого прожила недолго. Ее не стало 3 июля 1704 года, на сорок седьмом году жизни. А похоронена бывшая правительница России, выдающаяся женщина-политик, в месте своего заточения, в Новодевичьем монастыре.
Царевна Наталья —
сестра Петра Великого