Армагеддон традиционно понимается как битва между Христом и Антихристом, архангелом Михаилом и Люцифером, силами света и силами тьмы. Это битва за Душу Человека и самой Земли (а возможно, и всей Вселенной). Воины матрицы понимают, что это всего лишь метафора менее очевидного, но, в сущности, такого же конфликта. В фильме это война между ИИ и Просветленными, жителями Зиона, истинным человечеством, или «расой учителей», которые живут в центре земли. Но поскольку большинству людей отключение еще только предстоит, они преданы ИИ, а не Зиону, В лучшем случае они разделятся, в худшем, как сказал Мел Брукс, «они мертвы и довольны».
Армагеддон происходит прежде всего в душе каждого хуматона и воина матрицы, он бушует даже в душах волшебников матрицы, так как свободы достиг только тот, кто увидел код и стал Просветленным. Эта война окончится только тогда, когда будет отключен последний хуматон и разрушена матрица. В определенной степени Армагеддон ведется по тем же правилам, что и любые военные действия: добро (просветленность) стремится искоренить зло (глупость и забытье матрицы), а зло столь же яростно старается уничтожить добро. ИИ и Стражи Врат (которые до странности безразличны к угрозе появления Избранного, по крайней мере до тех пор, пока не увидели его в действии) направляют свою энергию на обнаружение Зиона, чтобы разрушить его и тем самым положить конец сопротивлению. В этот момент правление ИИ достигнет наивысшей точки, он станет неприступным, и начнется золотой век машин. Да придет царствие твое. На самом деле это неверная цель, так как пробуждение человечества неизбежно. Но об этом знают только Просветленные.
Все, что находится вне программы, для ИИ непостижимо (тогда-то и запускается программа поиска и уничтожения), и волшебникам матрицы известно только то, что соперник силен и ему нужно противостоять любой ценой. Цель Просветленных, волшебников и воинов заключается в том, чтобы положить конец правлению ИИ, возможно, путем разрушения жесткого диска или головного компьютера — центрального компьютера, откуда действует ИИ, Источника. Обе стороны имеют свой центр управления: Зион, расположенный в центре земли, и ИИ, где-то на поверхности. Когда будет испорчен центральный Источник или головной компьютер, тогда из строя выйдут поля, Часовые и все остальные ответвления ИИ, включая матрицу, словно щупальца осьминога, которые разрушаются, когда поврежден его мозг.
Почему воины матрицы до сих пор не могут определить местонахождение этого компьютера, чтобы разрушить его? Может, известно, что его разрушение повлечет за собой смерть шести миллиардов спящих существ, неспособных выжить без матрицы? В любом случае между двумя воюющими сторонами, между ИИ и волшебниками матрицы, идет состязание. Волшебники знают, что вопрос лишь в том, когда именно ИИ обнаружит Зион и направит туда своих Часовых для его уничтожения, и знают, что в этот момент игра будет окончена. Человечество утратит последний шанс на освобождение и будет обречено на вечное рабство у ИИ. Кажется логичным, что ИИ трудится над определенной программой и что для того, чтобы найти и разрушить Зион, ему необходимо какое-то время — возможно, несколько лет, месяцев или дней. Иными словами, даже если волшебники матрицы не ошибутся и код Зиона не попадет в руки Стражей Врат, ИИ в конце концов все равно отыщет Зион. Однако сколько лет ему потребуется, чтобы найти Зион, столько же лет есть и у волшебников, чтобы освободить человечество и покончить с матрицей. Но когда это время истечет, волшебники будут вынуждены разрушить головной компьютер, независимо оттого, сколько «зерна» при этом будет утрачено, скольким хуматонам придется умереть. После разрушения ИИ, волшебники приступят к строительству для человечества (или для тех, в кого оно превратится в процессе освобождения) нового мира, и начнут они с Зиона. Далее они перейдут к очищению Земли и тем самым к созданию здоровой окружающей среды, чтобы однажды вернуться на поверхность. Сколько Просветленных или, как минимум, неподключенных людей примут участие в строительстве нового мира, зависит от того, сколько хуматонов волшебникам удастся отключить до демонтажа матрицы. Даже несколько тысяч человек были бы довольно прочной основой, на которой можно начать созидание нового мира.