В марте того же года президентом стал У. Маккинли; чтобы соответствовать растущим популистским настроениям в конгрессе, его приближенные предложили ввести своего рода федеральный контроль над железными дорогами. В конце лета было принято судебное решение о продаже компании, но начались новые трудности и проволочки, и в октябре проблема еще обсуждалась в газетах. Продажа железнодорожной магистрали «Юнион Пасифик» произошла 2 ноября, но только после того, как комитет заранее договорился, как писал Шифф, «предложить цену, на 13 млн долларов превосходящую сумму, которую совместно предложили бы «Юнион Пасифик» и «Канзас Пасифик», если бы приняли первоначальный план».
Однако в последнюю минуту правительство настояло на отсрочке продажи «Канзас Пасифик». За несколько недель до того Шифф вел переговоры с Лайманом Дж. Гейджем, министром финансов, и последний выразил готовность пойти навстречу любым разумным предложениям. Поэтому 17 марта Шифф написал Гейджу длинный меморандум, в котором повторил ход переговоров и с администрацией Кливленда, и с администрацией Маккинли. Он напомнил, что комитет выполнил все условия сделки, и попросил администрацию более не чинить препятствий в продаже субсидированной части «Канзас Пасифик»; сообщил, что комитет готов выслушать предложения любого частного покупателя, но не станет предлагать на торгах более высокую цену, чем правительство, которое, в свою очередь, обязано будет объявить компанию государственной собственностью.
Очевидно, представители администрации настаивали на том, чтобы на время разделить вопрос о «Канзас Пасифик» и вопрос о главной магистрали. Переписка Шиффа с Гейджем затянулась. Но в феврале 1898 г. комитет наконец добился успеха, и новая компания вступила во владение имуществом.
В сентябре Шифф послал Гарриману свою переписку, связанную с делами «Юнион Пасифик»; он считал, что переписка поможет Гарриману в переговорах с руководителями дороги. Гарримана в мае назначили председателем исполнительного комитета, и он поехал на Запад с инспекцией всей системы.
Один из предвестников борьбы 1901 г. возник еще в 1899 г., когда выявились разногласия «Нозерн Пасифик» и «Орегона» на участке Рипария – Льюистон, который тогда находился в совместном управлении Хилла и Гарримана. В письме к Гарриману от 19 июля 1899 г. Шифф подробно рассказал, какие меры принимались за время его отсутствия, чтобы не дать представителям «Нозерн Пасифик» присвоить спорный участок, и добавил: «На предстоящих выборах в «Орегоне» «Юнион Пасифик» получит неоспоримое превосходство, и потом Вы лично можете действовать как председатель исполнительных комитетов всех трех компаний, ведающих линией из Омахи в Портленд».
Начиная с того времени его письма к Гарриману, даже сугубо деловые, по теплоте тона не уступают письмам к Касселю. Когда Гарриман был в Омахе, он подробнейшим образом писал обо всех делах, которыми они занимались совместно. Сближение их позиций подтверждается в письме от 9 августа 1899 г.: «После того как я написал Вам в понедельник, мы завершили переговоры о покупке около 23 тыс. привилегированных акций «Орегона», которые удерживала «Нозерн Пасифик»… Я убежден, что бессмысленно далее вводить кого-либо в заблуждение и что небезопасно позволять этим акциям оставаться в руках «Нозерн Пасифик», поскольку теперь нам известно, что некоторые лица пытаются скупать привилегированные акции «Орегона» не только у «Нозерн Пасифик», но также и у мистера Хилла… Поскольку я считаю важным, чтобы такой крупный пакет акций не оставался или не переходил в руки тех, кто впоследствии способен вмешаться в планы объединения имущества «Юнион Пасифик», я решил наилучшим выходом приобрести их, пока у нас еще есть такая возможность, и я думаю, наряду с прочими соображениями, что, основываясь на действительной стоимости акций, мы совершили очень удачную покупку. Поскольку очень скоро мы снова встретимся лично, чему я очень рад, нет необходимости сегодня писать об этом подробнее, но я надеюсь и верю, что мои действия Вас порадуют».
12 октября 1899 г. он писал Флемингу о непосредственном состоянии дороги: «Дела «Юнион Пасифик» превосходны, но в этом отношении все железные дороги выглядят великолепно, и, по-моему, так будет и впредь… «Юнион Пасифик» снова укрепила свое положение в «Орегон Шорт Лайн» и «Железнодорожной компании Орегона», добавила в свою копилку практически все обычные и привилегированные акции «Орегона» и все акции, а также доходные облигации первого и второго выпуска «Шорт Лайн». Чистая прибыль трех компаний за последний финансовый год составила почти 16 млн долларов, накладные расходы – около 6 700 000 долларов, что составляет около 9 млн долларов чистой прибыли для привилегированных и обычных акций «Юнион Пасифик». Неплохой результат для железной дороги, менее двух лет назад проданной с лишением права выкупа заложенного имущества».