Джейн провела свои первые годы в Калифорнии, где была окружена суровой заботливостью со стороны гувернантки, которая отбивала у нее охоту к объятиям и поцелуям. Гувернантка говорила, что привязанность могла бы сделать Джейн эмоционально слишком зависимой. Это было идентично условиям воспитания Теда Тернера, созданным его отцом, желавшим заставить сына чувствовать опасность. Ранний сенсорный и эмоциональный голод, кажется, приводил к противоположным результатам, поскольку сформировал ее в эмоционально зависимого взрослого. Джейн посещала целый ряд школ-пансионов и частных училищ, начиная с Брентвуд-тауна и дневной школы в Калифорнии. Ее мать становилась все больше и больше ненадежна и невротична. В течение войны Фрэнсис пыталась сойтись с другими мужчинами и лечиться от состояния депрессии (что мало отличалось от действий матери Глории Стайнем). Джейн искала спасения в занятиях лошадьми, атлетикой и в книгах. В своей подруге и соседке Брук Говард она находила выход своим эмоциям и привязанность. Мать Брук была первой женой Генри, я два семейства много лет поддерживали странные близкие отношения, пока мать Брук не покончила с собой. Брук вспоминала об этом периоде: "Все мы словно благоговели перед Джейн. Казалось, ничто не может расстроить ее. Она была подтянутая, очень уверенная в себе и очень жесткая. Как закаленная сталь". В душе Джейн навсегда запечатлелось ощущение замкнутости и смущения. Когда Генри получил заглавную роль в "Господине Робертсе" на Бродвее в 1948 году, Джейн исполнилось одиннадцать. Семья вновь отправилась в Гринвич, штат Коннектикут, где Джейн поступила в Гринвичское училище. Ее ближайшая подруга Брук Говард вскоре присоединилась к ее семье.
В Коннектикуте мать Джейн вновь стала вести отшельнический образ жизни. Фактически она никогда не оставляла спальни и превратилась в домашнего тирана. Джейн была полностью предоставлена самой себе и в этих условиях обрела чрезвычайную самоуверенность. Отец ее постоянно отсутствовал, а мать была психически больна. Не испытывая никакой эмоциональной привязанности к матери, Джейн росла полной хозяйкой собственной судьбы, и такой самостоятельной женщиной она вошла в сложный подростковый возраст. В этот момент Генри предложил Фрэнсис развестись, чтобы он мог жениться на двадцатиоднолетней Сьюзан Бланчард, приемной дочери Оскара Хаммерштейна, чем ускорил наступление беды. Фрэнсис была настолько потрясена, что у нее наступил нервный срыв, из-за чего ее отправили в психиатрическую лечебницу "Остен Риггс". 14 апреля, 1950, мать Фонды покончила с собой, воспользовавшись одним из бритвенных лезвий Генри, она перерезала горло от уха до уха. В это время Джейн было двенадцать, а ее брату Питеру только десять лет. Детям сказали, что у матери был сердечный приступ, и только позже они узнали ужасную правду от друзей.
Генри женился на Сьюзан Бланчард через девять месяцев после самоубийства Фрэнсис, и Джейн наконец обрела пример для подражания, которая вызывала у нее восхищение; Сьюзан была всего лишь на десять лет старше и нежно любила ее. Питер Фонда, любимчик матери, был буквально раздавлен, узнав о ее смерти. Он попытался застрелиться, когда его отец и Сьюзан проводили свой медовый месяц, и в течение целых четырех дней был между жизнью и смертью. В течение следующих нескольких лет жизнь Джейн была еще более лихорадочна, чем раньше, раздираемая путешествиями, переездами и семейными скандалами. Она поступила в школу-пансион Эммы Виллар в пригороде Нью-Йорка, где прославилась как независимая отступница. Одна из ее школьных подруг вспоминала: "Джейн был прирожденным лидером и никогда не боялась оказаться в центре внимания". Она постоянно оспаривала строгую власть школы. Одно из правил пансионата, например, требовало, чтобы к обеду все студентки надевали туфли с высокими каблуками и жемчуг. К очередному обеду Джейн вышла, гордо ступая на высоких каблуках и сверкая жемчугом, в соответствии с упомянутым требованием к студенткам; правда, больше на ней ничего не было. Многолетняя привычка к уверенности в себе приучила ее к неповиновению и бунтарству, и она не боялась показать это.