Складывается впечатление, что после победы исламистов на июньских муниципальных выборах 1990 года власти начали постепенно утрачивать контроль над происходившими событиями, ограничиваясь лишь слабой реакцией на инициативы ИФС, организовывавшиеся этой партией митинги, демонстрации и другие акции протеста и неповиновения в контролируемых исламистами коммунах. В Алжире устанавливалось характерное для революционного периода состояние «двоевластия». Начавшаяся в январе 1991 года война в Заливе и последовавшее затем с территории Саудовской Аравии наступление на Ирак сил западной коалиции во главе с США стали предлогом для проведения массовых демонстраций протеста в поддержку Багдада. Для ИФС эти шествия были прекрасным поводом демонстрации своей силы правившему режиму. На одной из демонстраций, во главе которой в форме афганских моджахедов шествовали вернувшиеся из Пешавара «джихадисты», находился и Али Бенхадж. Облаченный в военную форму, Бенхадж возглавил митинг у здания Министерства обороны. Манифестанты требовали сформировать добровольческий корпус для отправки на помощь Саддаму Хусейну. Символика происходившего имела двойной смысл. С одной стороны, подобное вторжение в сферу, которой распоряжалась армия, явилось вызовом для военной иерархии, послужило сигналом опасности для армейских рядов, и именно поэтому генштаб решился выступить против исламистов. С другой стороны, иракские события выявили слабые места ИФС: в первое время Мадани, в знак признания нефтемонархиям за оказанную ими финансовую помощь, занял про-саудовскую позицию. Однако он был вынужден уступить Бенхаджу, который поддерживал Ирак, сумев направить народный энтузиазм на поддержку Саддама Хусейна. Происходившее стало дополнительным свидетельством того, что бедная городская молодежь была способна навязывать свои взгляды и пристрастия партии, руководство которой оказывалось бессильным перед этим напором. Для средних классов, опасавшихся реванша «хиттистов», это стало дополнительным поводом для беспокойства. Напряженность между правившим режимом и ИФС, а также возраставшие противоречия внутри самой партии достигли новой отметки в конце мая — с принятием решения о новой нарезке избирательных округов для предстоящих в июне парламентских выборов. Передел избирательных округов имел целью повлиять на результаты голосования. Посчитав, что его предали, Мадани призвал ко всеобщей забастовке, пытаясь тем самым добиться от властей отмены принятого решения. Однако вскоре забастовка перетекла в стычки и беспорядки, в которых бедная городская молодежь сыграла ведущую роль. Правительство было вынуждено передать в распоряжение ИФС одну из самых больших площадей столицы, на которой на протяжении недели исламисты стали устраивать сидячие забастовки. Именно в этот момент генштаб принял решение о прямом вмешательстве в происходившее, чтобы положить конец состоянию двоевластия, грозившему вылиться в вооруженное восстание. Вечером 3 июня было объявлено осадное положение. Танки начали разгон демонстрантов. Армейское руководство назначило нового премьер-министра, Сид Ахмада Гозали, который объявил о переносе выборов на декабрь. Затем армия обрушилась на опорные пункты ИФС на местах. Со зданий мэрий, находившихся с прошлого года под контролем ИФС, были сорваны вывески «исламских муниципалитетов». Бенхадж призвал к восстанию, а Мадани угрожал начать джихад, если армия не вернется в казармы. Однако эти призывы и угрозы прозвучали слишком поздно: армия уже вовсю действовала, а популярность ИФС была подорвана колебаниями, проявленными руководством исламистов во время июньских событий. ИФС уступил инициативу армии, отныне генштаб непосредственно управлял страной. 30 июня Бенхадж и Мадани были взяты под арест за призывы к мятежу и вооруженному восстанию. Оба пробудут в тюрьме вплоть до окончания гражданской войны.
Результатом «повстанческой забастовки» стало углубление раскола в рядах исламистского движения. Двоевластие Мадани и Бенхаджа сменилось многовластием мелких руководителей, которые ожесточенно боролись между собой за лидерство в партии. Сторонники вооруженных методов борьбы, объединившись вокруг уцелевших членов группы Буяли и бывших афганских «джихадистов», ушли в подполье. Они отрицали мирный путь завоевания власти путем выборного процесса и были готовы незамедлительно перейти к насильственным методам. Их первой показательной акцией стало жестокое нападение на пограничный пост в Геммаре, где «афганцы» обезглавили новобранцев. Они сделали это 28 ноября 1991 года, чтобы отметить (с разницей в четыре дня) вторую годовщину со дня гибели в Пешаваре «мученика» Абдаллаха Аззама. Налет явился отправной точкой начала джихада на алжирской территории — джихада, которому афганский опыт и символика придадут соответствующее словесное оформление. Этот теракт дополнил картину преемственности методов и традиций войны за независимость, подхваченных Буяли.