Родители Иоко познакомились на горном курорте для представителей высшего общества Каруидзава. Их брак, явившийся плодом усилий обеих семей, нельзя было назвать счастливым. Супруги Оно не любили друг друга, да и интересы дела вынуждали Эисуке подолгу находиться вдали от семьи. Вскоре после женитьбы его направили работать в Соединенные Штаты. Поэтому Йоко, старшая из троих детей, впервые увидела отца, когда ей уже исполнилось три года. Каждый вечер мать показывала пальцем на фотографию, стоявшую возле постели дочери, и велела ей говорить «спокойной ночи, папа». Кстати, имя Йоко переводится как «дитя Океана», то есть того, кто всегда далеко.
Оно входили в число тех немногочисленных японских семей, которые ассимилировали западную культуру ради успешной деловой либо дипломатической карьеры. (Дядя Йоко, посол Казе, был первым представителем Японии в Организации Объединенных Наций.) В 1936 году маленькая Йоко приехала с матерью в Сан-Франциско. Ее брат Кейсуке родился уже в США. На следующий год, после нападения японцев на американскую канонерскую лодку «Панай» в Китайском море, американо-японские отношения настолько осложнились, что Исоко была вынуждена вернуться с детьми домой, в то время как ее муж получил назначение в нью-йоркское отделение банка.
По возвращении в Японию Исоко пришлось взвалить на себя заботы по управлению имением Ясуда — внушительным сооружением, возвышавшимся на холме позади императорского дворца и окруженным большим парком. Более тридцати человек прислуги оказались в подчинении хозяйки дома, ни на минуту не ослаблявшей своей железной хватки.
Маленькая Йоко обожала свою мать и следовала за ней по пятам. После обеда, когда миссис Оно принимала гостей, Йоко подавала чай, в то время как мать нахваливала свою идеальную дочь. Но хотя Исоко гордилась тем, что может демонстрировать Йоко, точно умную куклу, она никогда не проявляла к ней материнской заботы. Она находила дочь некрасивой и не уставала повторять, что если та и сможет когда-либо добиться успеха, то только благодаря уму. Вероятно, причина такого отношения крылась в ревности, так как Эисуке обожал девочку, и Йоко платила ему тем же. Йоко страдала от холодности матери, чье внимание ей удавалось привлечь только одним способом — стараясь быть идеальной дочерью.
В 1940 году, когда Йоко исполнилось семь лет, семья вновь вернулась в Америку и обосновалась на Лонг-Айленде. Но угроза войны в очередной раз заставила их вернуться домой. На этот раз Эисуке направили по делам банка во Францию, а затем, когда в 1942 году японцы оккупировали французский Индокитай, он получил назначение в Ханой, где жил вполне благополучно, в то время как миллионы вьетнамцев умирали голодной смертью из-за японской блокады на поставки риса из южных областей.
Иоко стремилась получить лучшее образование, доступное для девочки ее возраста у себя в стране. Она поступила в школу Гакусуин, куда принимали детей только из тех семей, которые имели связи с императорской фамилией или с палатой пэров. Затем она была переведена во вновь созданную Академию для студентов, которые учились за рубежом. Здесь, помимо обычной программы, она познакомилась с буддийскими текстами, Библией (ее отец был христианином), каллиграфией, с основами японского искусства, а также западной музыки и балета.
Столь насыщенная школьная программа вызывала у Иокб такой же протест, как и суровая дисциплина, которую навязывала ей мать. «Меня кормили информацией, точно домашнее животное, — сетовала она позднее. — А я все это ненавидела. Особенно музыку. Дело доходило до того, что каждый раз перед уроком музыки я буквально теряла сознание. Наверное, так я пыталась вырваться». В 1944 году, когда бомбардировщики Б-29 стали бомбить Токио, Исоко увезла детей на принадлежавшую Оно ферму, расположенную недалеко от Каруидзавы. Здесь изголодавшиеся крестьяне обобрали Исоко, но Йоко якобы быстро взяла ситуацию в свои руки и заставила крестьян все вернуть.
После капитуляции Японии семейство Оно поселилось в небольшом доме в имении Ясуда, расположенном в Камакуре, маленьком городке на берегу залива Сагами. Вернувшись из Индокитая, Эисуке в 1947 году был назначен сначала заместителем директора, а затемни директором департамента иностранных дел банка. Когда Йоко вновь встретилась с отцом, она была уже подростком, чувствительным, страдавшим от множества проблем, возникших как следствие прошедшей войны. Но теперь Эисуке относился к ней гораздо прохладнее. Такая перемена отчасти объяснялась очевидной зрелостью Йоко, а отчасти тем, что у отца появилась подруга-гейша, которую он поселил в другом городе и которая родила ему двоих детей.