Совет оказывал помощь заведениям, наиболее ее заслуживающим, на сугубо выборочной основе. К 1924 году он предоставил более чем 20 300 000 долларов 134 колледжам и университетам при условии, что они соберут еще около 76 500 000 долларов. Главными принципами, лежащими в основе акции совета, были следующие. Предоставлять помощь лишь надежным учебным заведениям на условиях добровольных пожертвований другими спонсорами; считать богатые и населенные города естественными центрами высшего образования в Америке; просить сосредоточения усилий на увеличении пожертвований и сотрудничать со всеми религиозными конфессиями, которые организационно выросли, отчасти из Общества баптистского образования. Формулировка этих принципов отражала идеи Рокфеллера и Гейтса, а также рекомендации таких членов совета, как Чарльз У. Элиот, Уолтер Хинес Пейдж, Эдвин А. Олдерман, Альберт Шоу, Ансон Фелпс Стоукс, Джордж Э. Винсент и молодой Рокфеллер.
Совет никогда не требовал, чтобы какое-либо заведение собрало определенную сумму. Наоборот, колледж, запрашивая взнос, сам проявлял инициативу, уведомляя совет, что намерен собрать определенные суммы под конкретные цели. Иногда совет выделял половину запрашиваемой суммы, иногда треть или четверть ее. Эта практика творила чудеса, часто вызывая взрыв активности в сообществе, которое считалось безнадежно инертным, и стимулируя постоянную заинтересованность учебным заведением, которая выражалась в дарах и завещаниях имущества.
Пожертвованиям сопутствовало настойчивое требование распоряжения финансами наилучшим образом. Это вызывало особое удовлетворение Рокфеллера. Постоянно требуя финансовых отчетов от заведений, запрашивающих помощь, сотрудники совета часто сталкивались с поразительной некомпетентностью со стороны академических кругов. Они принимали пожертвования как привлеченные средства, не вели надлежащий учет, «занимали» из выделенного фонда в случае финансовых затруднений и так далее. Для сохранения своих пожертвований совет в таких случаях требовал жестких реформ. Для ориентации административных работников колледжей и университетов он опубликовал и распространил книгу Тревора Арнетта «Финансы колледжа и университета».
Одним особенно ценным грантом был дар Рокфеллера, предоставленный в 1919 году, главным образом по просьбе Джорджа Э. Винсента в облигациях стоимостью примерно 50 000 000 долларов. Его следовало использовать – по основной сумме и процентам – прежде всего в сотрудничестве с учебными заведениями, которые стремились повысить зарплату своим преподавателям. В течение пяти лет почти четыре пятых гранта было распределено среди 170 колледжей и университетов как добавка к фонду зарплаты. Между тем эти учебные заведения сумели собрать еще около 83 000 000 долларов. Значение этого для многих преподавателей и их семей, страдавших от резкого повышения стоимости жизни после Первой мировой войны, трудно переоценить.
В сфере медицинского образования совет предпринял действительно монументальную программу, которая значила не меньше, чем полное обновление. Гейтс и Абрахам Флекснер, который в эти годы мощной экспансии вместе с Баттриком определял работу компетентного совета, были вдвоем горячо заинтересованы в повышении уровня медицинского обслуживания. Оба они были весьма удручены недостатками преподавания медицины в Америке, которое в последние десятилетия не сделало фактически никакого прогресса. Они снова и снова обсуждали проблему и вовлекали в свои беседы работоспособного, целеустремленного, бескорыстного Баттрика. Программа реорганизации, которую они задумали, была огромной. Флекснер считал, что 50 000 000 долларов были наименьшей суммой для начала деятельности. Флекснер, Гейтс и Баттрик знали, что первоначальные пожертвования лишь начало дела. Они добились поддержки обоих Рокфеллеров и взялись за работу.
Программа предусматривала создание в ключевых районах эффективных медицинских училищ, способных послужить примерами, которые бы взаимодействовали с хорошо оборудованными больницами и клиниками и не уступали бы европейским учреждениям. Планировалось использовать существующие колледжи и привлекать других спонсоров. К лету 1919 года более 5 000 000 долларов были распределены большими грантами среди медицинских факультетов различных университетов, в частности университета Джонса Хопкинса, Йельского университета и Вашингтонского университета в Сент-Луисе. Война подчеркнула слабость страны в области медицинского обеспечения, поскольку ее власти столкнулись с проблемой укомплектования своих основных госпиталей и медицинского корпуса компетентными кадрами. В сентябре 1919 года Рокфеллер выделил более 20 000 000 долларов на развитие медицинского образования в Соединенных Штатах. За этим грантом последовали другие крупные взносы.