Во второй половине V в. несторианство в Персии продолжало крепко держаться благодаря знаменитому епископу Варсауме Нисибийскому и имело сильную поддержку при персидском дворе. Тем временем, поскольку императоры Зинон и Анастасий начали вступаться за монофизитов в Персии, возникли новые контакты с армянами. В 505—506гг., ввиду улучшения отношений между Византией и Персией, на состоявшемся в Двине соборе армянский католикос Бабген с радостью опровергал несторианство и утверждал традиционное кириллово исповедание, отвергая, разумеется, Евтихия. Он осудил великих руководителей антиохийской школы, в частности Феодора Мопсуестийского, Иву, Феодорита и Нестория, так же, как и Варсауму; он утверждал, что «греки, армяне, грузины и агуаны придерживаются одного и того же правила веры»[568]. Это было по существу согласие с политикой зинонова «Энотикона», которая в это время господствовала в Византии, так что армяне были вправе считать себя в этот момент частью вселенского консенсуса, противопоставляя его оторванным от христианского мира несторианам. Эту позицию подтвердили несколько соборов в Двине даже после отвержения «Энотикона» Юстином I в 518г.
Однако в 551 —555гг. Армянская церковь ближе соприкоснулась с определившимися монофизитскими общинами Месопотамии, которые принадлежали к юлианистскому антисевирианскому течению и придерживались учения о нетленности тела Христова до Воскресения (афтартодокетизм). Отлученные от общения с главным, севирианским, течением монофизитства, афтартодокеты просили покровительства у армянского католикоса Нерсеса II (548–557). Последний согласился поставить им епископа по имени Абдишо и, собрав новый собор в Двине (555), осудил формально не только Евтихия, «Три Главы», Нестория и (на этот раз совершенно определенно) «Томос» папы Льва и Халкидонский собор, но также и Севира Антиохийского за его учение о «тленности» тела Христова. После этого собора армянский двинский католикосат твердо встал на монофизитскую позицию в форме умеренного юлианизма или афтартодокетизма[569].
Таким образом, в эволюцию официальной позиции армян в Персии вплелись и богословские, и исторические, и культурные, и политические факторы. Это и необходимость выживания, и богословская и культурная защита от сирийского Селевкийско–Ктесифонского католикосата, и путаница, создаваемая противоречиями имперской политики Константинополя, а кроме того, трудности, испытываемые всеми негреками, пытающимися понять терминологию христологических споров.
Тем не менее в течение всего этого периода социальное положение армян в Византийской империи было вторым после греков[570]. Тот факт, что оба величайших полководца эпохи Юстиниана—Велисарий и Нерсес—были армянами, иллюстрирует их роль в византийской армии. Императоры Маврикий и Ираклий, а также некоторые из их преемников были сами армянского происхождения. Совершенно очевидно, что те армяне, которые входили в имперскую организацию, состояли в официальной православной халкидонитской Церкви, так же как и многие армянские общины восточной Малой Азии, находившиеся под римским господством. Церковная принадлежность армян имела, конечно, определенное политическое значение как для византийцев, так и для персов, особенно ввиду того, что Армения представляла собой поле битвы между этими двумя империями. Поэтому вполне вероятно, что, если бы византийцы успешнее воевали против Персии, в Армении возобладала бы халкидонская вера.
В 572г. армянское восстание, возглавляемое Варданом Мамиконяном, получив помощь от императора Юстина II, временно уничтожило персидскую власть в Двине. Сильное персидское контрнаступление заставило князя Вардана, католикоса Иоанна II и других вождей восстания бежать в Константинополь, где Юстин II недавно опубликовал свою «Программу», вновь решительно утвердив кириллову христологию и крепко держась Халкидонского собора. В 573г. армяне, включая католикоса, согласились соединиться с Церковью и вступили в общение с халкидонитами. Католикос Иоанн II умер в Константинополе год спустя.