Независимо от того, существовали или нет прямые связи между царем Мирианом и Константинополем, между святой Ниной и еврейскими христианами, трудно отрицать институционную связь Восточногрузинской церкви, по крайней мере на конец Vв., с церковным центром, установленным святым Григорием в Аштишате и Двине. Центр этот хотя и входил в Армянское царство, не был в то время исключительно армянским католикосатом; это был региональный церковный центр, где богослужения совершались на греческом и сирийском языках. Когда при католикосе Исааке (390—439) начала складываться армянская национальная идентичность, святой Месроп, переводчик Писания на армянский язык, составлял также переводы и на грузинский язык[237]. Поэтому не было ничего противоестественного в церковном единстве Двина и Мцхета.
Положение, по–видимому, изменилось после совместного армянского и грузинского восстания против персов в 482—484 гг., которое было поддержано византийским императором Зиноном. Вождь армян Ваган пришел к соглашению с персами, но грузинский царь Вахтанг I занял позицию более проримскую и через Константинополь добился (ок. 486—488) хиротонии отдельного католикоса в Мцхета. Этот новый католикос был рукоположен патриархом Антиохийским Петром Валяльщиком вместе с двенадцатью другими епископами[238]. Событие это является традиционной датой установления автокефалии Грузинской церкви, хотя термин этот в данном случае и не следует употреблять в его теперешнем значении совершенно независимой национальной церкви, это было бы анахронизмом. Событие это прежде всего означало новую культурную и моральную зависимость грузинского католикосата от Антиохийской патриархии и предполагало принятие Грузией антиохийских богослужебных обычаев, продолжавшихся вплоть до XI в.[239] Первыми католикосами были греки или сирийцы, первым же грузином был Савва I (523—552). Некоторые источники указывают, что Антиохийская патриархия по крайней мере дважды вновь утверждала существование независимой Грузинской церкви (в VIII и XI вв.[240]). Эти повторные утверждения иллюстрируют известную духовную зависимость Грузии от Антиохии, продолжавшуюся столетия, а также и ее фактически независимое существование.
Установление католикосата в Мцхета, конечно, ослабило власть Двинского католикоса, но обе Церкви еще в течение некоторого времени оставались в вероучительном единстве. Дело в том, что при императоре Зиноне Империя жила под режимом Энотикона, что означало фактический отказ от Халкидона. Петр Валяльщик был антихалкидонитом, и такова же, несомненно, была формальная позиция нового католикоса в Мцхета. В 505—506 гг. на Двинском соборе армянские и грузинские епископы формально приняли «Энотикон», и подразумевалось по крайней мере, что отвергли Халкидонский собор[241]. Таким образом, в последние годы V в. православие Грузинской церкви можно считать сомнительным[242]. Все вполне прояснилось в начале VII столетия. Византийский император Маврикий (582—602), заключив мир и даже соглашение с персидским царем Хосроем II, добился для покровительствуемого им грузинского царя Гуарама (строителя знаменитого Сионского собора в Тбилиси) возможности возглавлять независимое буферное государство между Римом и Персией. Тогда бывший секретарь армянского католикоса Моисей II Кирион (или Квирион), рукоположенный им во пресвитера, встал во главе Мцхетского католикосата (590—604). Он обучался в Никополе, то есть на византийской территории, и, вероятно, знал три языка: греческий, армянский и грузинский. Армянские источники обвиняют его в том, что он хиротонисал «несторианского» (то есть халкидонского) епископа в Сие и распространял богослужение на грузинском языке. Около 600— 601гг. поддерживаемый также агуанами (албанцами), он формально порвал с католикосом Двина и заявил себя сторонником халкидонского православия[243].
Решение, принятое Кирионом, легче понять в контексте тех условий, которые существовали в самом армянском католикосате. В 574 г. армянский католикос Иоанн II, избежав персидских преследований, ушел в Константинополь, где перед смертью (594) признал Халкидонский собор. При императоре Маврикии в занятой римлянами Армении ему был избран преемник, халкидонско–православный католикос Иоанн III, проживавший в Аване (на реке Азат, против занятого персами Двина). Итак, в последние годы VI в. было два армянских католикоса, и поэтому, признавая халкидонское православие, мцхетский католикос порвал не со всеми армянами, а лишь с упорно антихалкидонскими католикосами Двина, Моисеем и Авраамом, пользовавшимися персидским покровительством. В переписке, существовавшей между Мцхета и Двином в 601—608 гг., армянская сторона ссылалась на единство империи (Персидской!)[244], тогда как Кирион подчеркивал «истинность веры (православно–халкидонской), которой придерживается Иерусалим». Кирион, кроме того, вошел в сношения с известными церковными людьми на Западе, в том числе с папой Григорием Великим.