Об'ехав реальные училища Нижней Австрии, Зюсс убедился, что директора имели слишком слабое влияние на ход преподавания, занимаясь главным образом хозяйственными делами. Таким образом, не было инстанции, заботившейся о единстве преподавания и ответственной за его успехи. В двух школах учителя математики старались щегольнуть перед Зюссом тем, что ученики знают бином Ньютона, и были немало удивлены, когда он сказал им, что это выходит за пределы программы средней школы. В другом реальном училище учитель географии заставлял учеников заучивать названия самых мелких речек в Греции, а название столицы Португалии они не знали. Учитель оправдывался тем, что, так как реалисты лишены преимуществ классического образования, он старался хоть отчасти компенсировать этот пробел. По большинству предметов испытание на аттестат зрелости сводилось к упражнению памяти. Чтобы выяснить степень развития учеников, Зюсс прибегнул к другому методу. Он заставлял их читать немецкую прозу известных писателей и просил подчеркивать в прочитанном самое существенное. Этот способ дал ему возможность судить о развитии учеников лучше, чем ответы на экзаменах.
Ознакомившись с положением дела, Зюсс пришел к выводу, что директора должны гораздо больше влиять на ход преподавания и отвечать за его успехи, что испытания на аттестат зрелости необходимы для равномерности преподавания во всех школах, что немецкой литературе, согласно требованиям времени, надо уделять больше внимания и преподавание географии следует улучшить.
Зюсс скоро убедился, что интересная и значительная деятельность инспектора все же мало соответствует его наклонностям, и осенью вернулся к своей профессуре в университете. После смерти депутата Зелинки на его место 23 августа 1869 года почти единогласно был избран Зюсс.
Трудная экспертиза. Суэцкий канал
Кроме постройки водопровода Зюсс был занят вопросом о регулировании Дуная. Ежегодно, во время весеннего половодья, Вена подвергалась более или менее значительному наводнению. Кварталы Бригеттенау, Россау, Эрдберг, Шюттель и др., населенные исключительно беднотой и расположенные на низменном берегу реки, затоплялись иногда до уровня вторых этажей. Люди спасались на чердаки и крыши, а часть их жалкого имущества уносилась водой. После спада воды им приходилось возвращаться в свои жилища, которые, едва просохнув за лето, нередко опять намокали на всю зиму во время под'ема воды после осенних дождей. Особенно остро стал вопрос после весеннего наводнения в 1862 году, во время которого была затоплена вся низменная часть Вены. Зюсс жил в это время на улице Пратер и видел, как вслед за убегавшими прохожими широкими волнами вливалась в улицы вода вздувшейся реки.
Вопрос о борьбе с наводнениями был наконец-то поставлен на обсуждение в городской думе.
Отстаивая на заседании думы проект спрямления Дуная, Зюсс картинно обрисовал перед собранием ежегодные бедствия многих тысяч граждан. Он говорил также и о последствиях этих наводнений, о болезнях, быстро развивавшихся в сырых помещениях, об ухудшении санитарного состояния всего города, что вызывает лишние расходы со стороны городского управления. Члены думы хорошо понимали, что плохое санитарное состояние бедных кварталов города угрожало также и владельцам богатых особняков и квартир: инфекционные болезни проникают и за дубовые двери буржуа и важных чиновников. Зюсс, познакомившийся незадолго до этого заседания с работами на Суэцком канале, в заключение своей речи воскликнул: «Тот, кто слышал скрежет землечерпалок, кто пережил волнения ночных защитительных работ на плотинах и моменты триумфа при успехе дела, об'единяющего всех участников труда — от высших руководителей до землекопа, — тот сделается на всю жизнь горячим защитником подобных предприятий, обуздывающих грозные силы природы на благо человека». Зюссу удалось в конце концов склонить большинство думы на свою сторону. Оставалось выбрать наиболее целесообразный проект.
Выше Вены Дунай выходит из горной долины на равнину и делится на рукава. Главное русло описывает громадную дугу к северу. Вдоль высот правого берега, на которых находится крепость, тянется узкий рукав, называемый каналом. В промежутке между ним и дугой, среда заболоченных лугов, расположены большой извилистый рукав Кайзервассер и много мелких каналов. Город, постепенно разрастаясь, захватил эту равнину между рукавами, через которые построили деревянные мосты. Во время половодий значительную часть города затопляло, а мосты сносило. Уже с 1811 года возникали проекты регулирования Дуная, сведения его рукавов в одно русло и постройки постоянного моста. После наводнения 1862 года вопрос снова стал на очередь. Но прошло семь лет, пока государство, провинция Нижней Австрии и Вена сговорились учредить комиссию, которая должна была рассмотреть существующие проекты. В состав комиссии вошел и Зюсс как представитель Леопольдштадта — части Вены, наиболее страдавшей от наводнений.