Интерес к естествознанию, пробужденный в Праге и Карлсбаде, побудил Зюсса сделаться в 1852 году ад'юнктом хранителя придворного минералогического кабинета в Вене, где ему было поручено привести в порядок коллекцию по палеонтологии. Он занялся изучением богатого собрания окаменелостей и написал несколько работ о плеченогих, аммонитах и третичных млекопитающих, положив начало естественной классификации плеченогих и аммонитов. В этих трудах он описал, между прочим, места обитания плеченогих, отметил соотношение между аммонитами и современными аргонавтами и уже тогда придерживался взгляда, господствующего в настоящее время, что изучение ископаемых животных нужно вести в отношении их строения, образа жизни, распространения и генетической связи с современной фауной. Он подчеркивал мысль, что палеонтология может развиваться на прочной научной базе только в теснейшем контакте с изучением современных форм животных. Уже при изучении остатков третичных млекопитающих Венского бассейна Зюсс пытался восстановить последовательность их во времени, то есть порядок смены одних форм другими.
В период палеонтологических работ Зюсса вышло сочинение Дарвина о происхождении видов, основные идеи которого о единстве и непрерывности органической жизни Зюсс несомненно усвоил, хотя искал решения проблемы развития другими путями. Большое влияние на него имели труды Форбса, но Зюсс не является учеником кого бы то ни было ни в палеонтологии, ни, позже, в геологии. Он был самостоятельным мыслителем и основателем отдельной школы.
Изучение последовательности фаун млекопитающих в третичных отложениях Венского бассейна, связанное с подробным ознакомлением с составом и последовательностью этих отложений, постепенно привело Зюсса из области палеонтологии в область геологии, а предоставление ему в 1862 году кафедры геологии в университете окончательно закрепило этот переход. Но заключительная глава в его труде «Лик Земли», озаглавленная «Жизнь», ранее напечатанная в сокращенном виде в «Известиях Венского геологического общества», доказывает своим остроумным и оригинальным раз'яснением отношений органического мира к твердой земной коре, что Зюсс оставался знатоком биологических вопросов.
Занявшись геологией, Зюсс сначала обратил внимание на вопросы стратиграфии, так как изучение последовательности наслоений третичного периода Венского бассейна привело его в эту область. Эти отложения издавна интересовали геологов Вены, но исследованиям Зюсса наука обязана первым установлением последовательности отдельных членов свиты миоцена во внеальпийском бассейне у Горна и Эггенбурга. Классическая работа о почве Вены в 1862 году уже обратила всеобщее внимание на молодого ученого. В этом труде увлекательно описана история миоценового моря, населенного фауной, очень близкой к современной фауне Средиземного моря, сначала омывавшего своими волнами гранитные берега Богемского массива, затем, после провала внутриальпийской впадины, распространившегося на место большого пресного озера. Позже озеро это отделилось от Средиземного моря, превратилось в замкнутый бассейн. Фауна его обеднела в связи с уменьшением солености воды, и оно наконец распалось на цепь пресных озер, которые постепенно были заполнены галечниками из больших рек.
За период научной деятельности 1851–1862 годов Зюсс напечатал 46 трудов, главным образом по палеонтологии, особенно о плеченогих и третичных млекопитающих. Было напечатано также несколько работ по стратиграфии, заканчивавшихся описанием почвы Вены, способа ее образования, ее состава и ее влияния на жизнь населения.
От этих молодых образований пытливый ум Зюсса обратился к подстилающим их, более древним, а изучение их потребовало расширения области исследований. Округленные, обточенные работой веков возвышенности Богемского массива, ограничивающие Венский бассейн с севера, и зубчатые цепи Восточных Альп, поднимающиеся на южном горизонте, прежде всего привлекли внимание Зюсса. Контраст этих соседних форм рельефа настоятельно требовал раз'яснения. Начались ежегодные экскурсии во время весенних и летних каникул, увлекавшие Зюсса все дальше и дальше. Он обошел Богемский массив, Судетские горы, Альпы Австрии и Швейцарии, впадину Ломбардии с ее вулканическими сопками, Апеннины, посетил Везувий и Этну. Он ознакомился с современными вулканами, чтобы выяснить связь вулканизма с горообразованием, определить роль и значение тех изверженных масс, которые вторглись в цепи Альп, сложенных существенно из осадочных горных пород, и которые в Бегемском массиве обнажены размывом на огромном протяжении и почти лишены своей прежней покрышки. Зюсс правильно оценивал громадное значение опытных наблюдений в поле для синтетических работ. Он учил, что только в самой природе геолог может получить настоящее представление о горообразовании, выработать умение выяснить по формам поверхности генетические идеи, то есть читать историю их происхождения.