Наполеон готов был сказать все, что угодно, чтобы создать империю; идея вторжения в Египет возникла у него несколькими годами ранее, и она имела отношение к освобождению египтян от ига мамлюков не больше, чем утверждение Наполеона о почитании Мухаммеда. Французы использовали жалобы небольшой общины купцов, страдавших от мамлюкских беев, лишь как повод для высадки. В новую эпоху империй уникальное стратегическое положение и экономическая ценность Египта были несомненны. При хорошем управлении он мог принести сказочные богатства, при этом был плохо защищен и находился слишком далеко от слабеющего центра Османской империи. Кроме того, Египет представлял собой отличный плацдарм для удара по британским интересам в Индии, лучший инструмент для лишения Британии ее безусловного превосходства на море. Помимо этого, колонизация экзотической страны представлялась Наполеону своего рода романтическим приключением, отвечавшим его мании величия. Он мечтал управлять восточной империей, говорил о том, чтобы «въехать в Азию верхом на слоне, с тюрбаном на голове, с рукой на Коране, который я готов использовать для собственных нужд». Он жаждал отправиться в египетский поход так же страстно, как Директория в Париже, революционное правительство, жаждала отослать честолюбивого молодого генерала подальше от Франции.
Наполеону не терпелось войти в Каир и сокрушить мамлюков. Не дав им времени для организации подкреплений, он послал войска по кошмарной июльской жаре вдоль пересохшего русла канала, связывавшего Александрию с Нилом. По маршруту колодцы были отравлены, армия страдала от жажды, люди сходили с ума при виде миражей, дрожавших на горизонте и таявших по мере приближения. Некоторые солдаты в отчаянии стрелялись, отставших убивали бедуины, которые сопровождали корпус на всем пути до Каира, так что французы оставляли за спиной «череду трупов».
Однако потери были недостаточными, чтобы подорвать колоссальное численное преимущество наполеоновской армии перед мамлюками, чьи вожди все еще не понимали, что века мамлюкских традиций сочтены. На самом деле Мурад был настроен оптимистично, узнав, что у французов практически нет кавалерии: «Я растопчу их копытами моих коней, нарежу на ломтики, словно дыни!»
Противники встретились при местечке Имбаба, на берегу Нила, напротив Каира, поблизости от пирамид; кавалерия мамлюков ринулась на врага во всем своем великолепии: инкрустированное драгоценностями оружие сверкало на солнце, яркие шелковые одеяния и цветные вымпелы развевались на легком ветерке под безоблачным небом. На полном скаку, зажав поводья в зубах, они разрядили ружья и пистолеты, бросили огнестрельное оружие на землю, предоставив подбирать его пешим слугам, бежавшим следом. Потом вскинули сабли, чтобы опустить их на головы врагов — одним ударом такая сабля отсекала голову.
Против менее подготовленного и организованного противника стремительная атака могла оказаться сокрушительной. Но против вымуштрованной, тактически и технически превосходящей армии французов это была роковая ошибка. Мгновенно выстроившись в плотные каре, солдаты Наполеона встретили мамлюков залпами, пулями и картечью. В течение часа сражение обернулось бойней. Мурад бежал на юг с немногими уцелевшими; генерал Дезо преследовал его вплоть до Верхнего Египта и дальше, до Судана, но так и не поймал — бывшего правителя Египта поразила чума, настигшая его два года спустя. Ибрагим, наблюдавший за битвой с противоположного берега Нила, спасся, бежав в Палестину.
Наполеон торжественно вступил в Каир 24 июля 1798 года. А 1 августа лорд Нельсон неожиданно напал на флот Наполеона в бухте Абукир, к востоку от Александрии, уничтожив все корабли, кроме двух. Позднее в тот же вечер британцы искусно подошли к самому берегу, позади французской оборонительной линии, и ударили по тылам из пушек; кульминационный момент наступил, когда им удалось потопить флагманский корабль французов «Ориент» — 120-пушечный фрегат, намного превосходивший по размеру прочие корабли в бухте; на борту фрегата, который взорвался, превратившись в гигантский огненный шар, находились французский адмирал и вся команда.
Потопление флота означало, что Наполеон оказался отрезан от родины, лишился как подкреплений, так и возможности покинуть страну. Более того, поражение французов вдохновило османов, уязвленных вторжением на территорию империи, на разрыв отношений с Францией и заключение союза с Великобританией и Россией. Потеря пассивной поддержки султана была для Наполеона не менее опасна, чем уничтожение боевых кораблей; за одну ночь египетская кампания оказалась проигранной.