Божества были взаимосвязаны, а также имели сложную систему отношений с физическим миром; все это описывали бесчисленные мифы и предания, зачастую переплетенные между собой, а порой и противоречащие друг другу. Представления о взаимоотношениях богов, их отношении к культовым центрам и земным сферам с течением веков менялись. Некоторые боги «сливались», как произошло с Атумом-Ра в Древнем царстве и Амоном-Ра в Новом царстве, или заимствовали чужие характеристики, а иногда оказывались взаимосвязанными иначе. С годами одни идеи накладывались на другие, словно слои нильского ила, и ни один предыдущий не исчезал полностью. Например, египетская мифология включала несколько сказаний о сотворении мира, сосредоточенных вокруг по меньшей мере пяти главных богов-творцов (Атум, Птах, Ра, Хнум и богиня Нейт), а также различные варианты мифов о загробной жизни. Покойник мог жить после смерти с Осирисом, богом мертвых, или тянуть ладью солнца — ладью Ра, или превратиться в одну из звезд на ночном небе, или поселиться в статуе в качестве духа, или возделывать «Тростниковые поля Налу». Несмотря на текучесть и сложность религии, ее иконография оставалась практически неизменной на протяжении всех веков правления фараонов.
Еще одна концепция оставалась неизменной и составляла сердцевину религиозной, общественной и политической жизни. Это
Государственная религия была сосредоточена вокруг основных богов и главных храмов, она включала в себя культовую практику и праздники. Богослужение состояло из приношения жертв божествам от имени царя (обычно представленного жрецами) и ухода за культовыми образами; в обмен боги благословляли царя и через него всех людей. Храм не был местом публичного поклонения богам, это был «дом» божества, воплощенного в культовом образе, который находился во внутренней камере, куда могли входить для совершения обрядов только жрецы. Однако при каждом храме числились многочисленные работники, имелись земельные угодья, кормившие жрецов и обеспечивавшие ежедневные подношения богам (на самом деле тоже распределявшиеся среди жрецов). Храмы, их владения, а также жрецы и работники являлись значительной частью национальной экономики. Во время праздников фигуры божеств выносили из храма, чтобы народ мог возносить молитвы или задавать вопросы оракулу, но даже в такие моменты культовые образы зачастую оставались скрытыми от взоров внутри переносных святилищ, установленных на церемониальных ладьях.
В обычные, непраздничные дни официальные места культов и основные храмы были закрыты. Египтяне находили другие способы выражения веры, посещая местные святилища малых божеств (или главных божеств в их ином, низшем воплощении) или совершая паломничества к святым местам. Они также использовали религию — и то, что мы сегодня называем магией, — чтобы избежать вреда, болезни и сглаза. Среди самых популярных домашних божеств можно назвать Таурт и Бэса, которые охраняли во время беременности, помогали при рождении детей, что в древности считалось самым трудным и опасным. Медицина и магия, наука и религия, заговоры и молитвы — все было направлено на избавление от зла и хаоса, на поддержание гармонии вселенной в жизни и в смерти.
С додинастических времен египтяне хоронили покойников на границе Западной пустыни, в безлюдных выжженных просторах, где каждый день умирало солнце, где обитал бог Осирис, с древности ассоциировавшийся с мертвыми. С покойниками хоронили драгоценные предметы и пищу, а безводная почва иссушала тела, сохраняя их для вечного загробного бытия. В период правления фараонов основы религиозной веры остались теми же, но ритуалы, архитектура и формы выражения веры усложнились.