Жан-Франсуа начал посещать частную школу, овладел латинским и греческим языками, а затем стал делать успехи в арабском, древнееврейском, сирийском и халдейском языках. Ему даже посчастливилось познакомиться с Жаном-Батистом Жозефом Фурье, членом «Комиссии» Наполеона, страстно интересовавшимся всем, что касалось Египта. Фурье приехал в Гренобль работать над «Описанием» и нанял Жака-Жозефа подготовить предисловие. Именно Фурье первым показал одиннадцатилетнему мальчику иероглифы.
Когда в Гренобле открылся новый государственный лицей, или общеобразовательная школа, Шампольон-младший успешно сдал экзамены и стал одним из ее первых учеников, получив государственную стипендию, которая покрывала две трети платы за обучение. Заботливый Жак-Жозеф оплатил недостающую сумму.
Жан-Франсуа глубоко возненавидел эту перемену в своей жизни, хотя и никому не говорил об этом. Ему не нравилась царящая в заведении военная дисциплина, необходимость учить математику, а еще то, что приходилось подчиняться строгому учебному расписанию, которое, как ни странно, не предусматривало изучение арабского, древнееврейского, сирийского и халдейского языков. Но понимая, что нигде в другом месте он не сможет получить образование лучше, ему удалось несколько лет терпеть пребывание в этом месте, самостоятельно изучая коптский, итальянский, английский и немецкий языки. Только в 1807 г., когда в лицее вспыхнул бунт против суровых условий, Жак-Жозеф смягчился и позволил брату жить дома и посещать не все занятия. В августе обучение подошло к концу, и молодой Шампольон решил отправиться в Париж и продолжить изучение древних языков.
Уже тогда Жан-Франсуа полностью посвятил себя Египту и расшифровке иероглифов. И он был не одинок. Согнувшись над книгами в библиотеках, интеллигенция Европы ломала голову над загадкой. В этой гонке не было призов, разве что шанс стать первым, кому удастся познать утраченную мудрость египтян, но для многих иероглифика превратилась в настоящую одержимость. Высокопрофессиональные ученые не желали делиться своими открытиями, каждый хотел лично открыть миру тайну. Как в страшном сне, преследовала их мысль о том, что может опередить кто-то другой, возможно, какой-нибудь неизвестный соперник из Англии или Германии. Ученые и приблизительно не представляли, каких успехов достигли коллеги. Они даже толком не знали, кто именно трудится над решением этой древней загадки.
Все это служило для Жана-Франсуа стимулом. К счастью, Жак-Жозеф, обладавший талантом к языкам, прекрасно осознавал сложившуюся ситуацию. Он уже пытался, правда, неудачно, расшифровать Розеттский камень и готов был оказать младшему брату как финансовую, так и моральную поддержку, несмотря на то, что к тому времени уже обзавелся семьей:
Как до него Атанасиус Кирхер, молодой Шампольон верил, что ключ к египетскому языку лежит в глубоком понимании коптского, что упускали предыдущие переводчики. Теперь он полностью посвятил себя изучению этого языка. Овладев им, Жан-Франсуа надеялся понять текст, сделанный демотическим письмом, а затем расшифровать иероглифы. Посещая в разное время Французский колледж, Школу восточных языков и Национальную библиотеку в Париже, изучая богослужебный коптский египетских жрецов, он придумал схему, отвечающую его собственным нетривиальным потребностям. Известный эксперт по иероглифам Сильвестр де Сасси стал одним из новых учителей Шампольона. Единственной, но не дающей Жану-Франсуа покоя, проблемой было отсутствие оплачиваемой работы и постоянно висящая над ним угроза попасть в армию, в которой на тот момент как раз не хватало крепких молодых людей. Жан рос худым мальчиком и не отличался здоровьем. Но не он один был таким – вся Франция страдала от высокой инфляции и нехватки еды из-за постоянных военных кампаний Наполеона.
В 1809 г. фортуна улыбнулась восемнадцатилетнему Шампольону – он опубликовал труд по географии Египта, первую часть своей большой работы, и получил должность преподавателя истории древнего мира в новом университете Гренобля. Тогда же Жаку-Жозефу предложили должность преподавателя греческой литературы в том же самом университете, и оба брата получили докторскую степень. Только одно огорчало Жана-Франсуа – его оклад был до обидного мал, а ведь приходилось учить своих бывших одноклассников по лицею, и копии иероглифов в Гренобле достать было куда тяжелее, чем в Париже.