Верхняя половина стены изображает церемонию коронации, когда Хатшепсут стала царицей. Сначала ее годы записала богиня Сешат – видимо, такую же церемонию описывает канцлер Ну, утверждая, что она будет мистически совершена для него после смерти: «Я поместил мое имя в Большом Доме. Я сделал так, что мое имя помнят в Доме Огня в эту ночь счета лет и счисления месяцев». Затем два бога окунули царицу в Воду Жизни и посадили на колени Амону, чтобы он дал ей свое благословение. Потом она вместе со своим отцом Тутмосом I отправляется в паломничество по крупным религиозным центрам Верхнего Египта, раньше являвшимся столицами независимых государств, где получает соответствующие знаки власти. Настоящая коронация, видимо, имела место по возвращении Хатшепсут в Фивы: здесь она изображена между двумя жрецами, представляющими Хора и Сета, которые возлагают венцы Верхнего и Нижнего Египта на ее голову. На стене южной колоннады (I) сохранилась запись о знаменитой торговой экспедиции в землю Пунт, которую отправила Хатшепсут.
Колоннады двух боковых молелен лишь придают общему виду особую прелесть, однако план здания несимметричен. Из гипостильного зала, в котором стоят двенадцать шестнадцатигранных колонн, создавая прекрасную перспективу, можно попасть в небольшую молельню Анубиса. Святилище украшено ярко расписанными сценами приношений и других ритуалов. Среди самых знаменитых сцен – парящие сокол и коршун, символизирующие соответственно богов Верхнего и Нижнего Египта, прикрывающие фараона распростертыми крыльями.
Молельня на южной стороне не только значительно больше молельни Анубиса, но, кроме того, сильно отличается по своей архитектуре. В нее можно попасть либо со двора, у которого она расположена, либо по лестнице с наружной стороны храмовой стены. Входили в нее через две крытые колоннады, состоявшие, соответственно, из шестнадцатигранных и хаторических колонн. Внутренняя часть молельни вытесана из монолитной каменной глыбы и состоит из двух вестибюлей и святая святых. Все скульптуры изображают Хатшепсут или Тутмоса III в присутствии богини Хатор в образе коровы. Вероятно, в узком святилище находилось каменное изображение коровы, подобное статуе, найденной в примыкающем храме Ментухотепа III.
Пандус (J), аналогичный тому, что ведет из нижнего двора, подходит к самому высокому двору, занимающему в этом храме место вестибюля. Пандус оканчивается гранитным дверным проемом, и отсюда посетитель может обозреть всю фиванскую равнину, раскинувшуюся у его ног. Фрагмент с гранитным дверным проемом сейчас стоит отдельно, но когда-то, видимо, он являлся входом в гипостильный зал (К), в настоящее время лежащий в руинах. Колонны протянулись по всей ширине двора и при взгляде снизу производят впечатление двухэтажной колоннады, так как они находятся непосредственно над колоннадой среднего двора. За гипостильным залом начинался открытый двор с колоннами (L), вокруг которого стояли молельни и небольшие залы для заупокойных служб. С западной стороны двор заканчивается у самой скалы, в которой располагаются несколько ниш, замечательных живописными сценами из жизни Хатшепсут и Тутмоса III в присутствии различных богов. В некоторых из этих ниш, видимо, помещались статуи царицы. В середине скалы находится вход в высеченное в ней святилище (М), перед которым когда-то стоял гранитный портик. Само святилище состоит из трех комнат, теперь уже сильно разрушенных; самая дальняя была либо вырублена, либо восстановлена во времена Птолемеев и посвящена двум обожествленным смертным: Имхотепу и Аменхотепу, которые, по всей видимости, почитались как боги медицины и пророчеств.