Планы вторжения в Грецию были отложены, и вся мощь персидской армии обратилась против несчастного Египта. В результате трехлетней кампании египетские войска были разгромлены, и страна вновь приведена к повиновению. Эту отсрочку хорошо использовали афиняне, увеличившие и усилившие свой флот. Благодаря флоту греки победили персов при Саламине в 480 г. до н. э. и отразили вторжение.
Египет, который несколько раз подстрекал своих маленьких соседей пожертвовать собой ради его интересов, теперь невольно пожертвовал собой ради Греции.
Но Египет не был укрощен, хотя и подчинялся Персии. Его народ, подстрекаемый жрецами, был всегда готов к восстанию. Ключевым моментом стала смерть царя Персии, поскольку начались споры насчет престолонаследия и могла вспыхнуть гражданская война. Еще лучше, если бы новый царь оказался слабым, незаинтересованным в длинной, утомительной экспедиции, дабы вновь подчинить отдаленную провинцию.
И вот Ксеркс умер в 464 г. до н. э., что послужило сигналом для нового восстания. Ведущей силой в этот раз стали кочевые племена из Ливийской пустыни, оставшиеся относительно свободными, хотя номинально они находились под властью Персии. Один из их вождей, Инар, отправил свои войска в Дельту, где к нему радостно присоединилось множество египтян. Персидский наместник, брат умершего Ксеркса, был убит после ожесточенного сражения, и Египет, казалось, снова стал независимым.
Позиция Египта казалась тем более безопасной, поскольку Персия испытывала трудности. Афины после Саламина вели непрерывную войну с Персией, совершая набеги на границы империи. Такая активность афинян не могла реально угрожать Персии, но держала страну в напряжении, слишком большом для того, чтобы собрать все свои силы против Египта.
Кроме того, при первых же признаках волнений в Египте афинские корабли пришли на помощь восставшим и высадили экспедиционный корпус.
Однако новый персидский царь, к несчастью для Египта, был отнюдь не слабым. Это был Артаксеркс I, сын Ксеркса. Он отправил большое войско в Египет, и они блокировали восставших на острове в Дельте. Здесь восставшие были недосягаемы, пока афинские корабли были с ними, но Артаксеркс сумел отвести приток Нила, на котором находился остров, оставив корабли на мели и затем уничтожив их. Вторая группа афинских кораблей была более чем наполовину уничтожена, прежде чем смогла достичь поля битвы.
Восстание было подавлено в 445 г. до н. э., большая часть греческих войск уничтожена, а Инар казнен.
Поражение Афин подорвало внешнюю политику Египта, привело в уныние его союзников, подбодрило врагов и стало предвестником несчастья, которое поглотило его полвека спустя. Если первое восстание Египта против персов спасло Афины, то второе помогло разрушить его.
Снова Египет ждал. Еще два персидских царя пришли и ушли, и в 404 г. до н. э. второй из них, Дарий II, умер. Это время стало периодом напряженно оспаривавшегося престолонаследия. Младший сын Дария повел армию, собранную в основном из греческих наемников, против своего старшего брата. Старший брат победил и правил под именем Артаксеркс II, но в то время, когда это происходило, Египет получил шанс для восстания и установил шаткую независимость еще раз.
Страна оставалась независимой 60 лет во многом благодаря грекам. Греческих наемников использовали очень часто в этот период, поскольку два греческих города-государства, Афины и Спарта, ожесточенно воевали между собой с 431-го по 404 г. до н. э., и Спарта в конце концов победила, установив недолгое господство над Грецией. После войны множество солдат оказалось не у дел. Они не могли найти себе занятий в Греции, истощенной и опустошенной длительной войной, и потому охотно нанимались на службу в Египет или в Персию.
Три кратковременные коренные династии правили Египтом в этот последний период независимости. Это были Двадцать восьмая, Двадцать девятая и Тридцатая династии. Все пребывали в ожидании, когда Персия почувствует достаточно сил, чтобы снова вернуться в Египет. К 379 г. до н. э., когда Тридцатая династия пришла к власти, вторжение Персии казалось неизбежным.
Первым царем Тридцатой династии был Нектанеб I, и он немедленно стал укреплять свои позиции, привлекая самых лучших греческих наемников. Он нанял Кабриаса — афинского полководца, уже имевшего в прошлом впечатляющий список побед. Кабриас принял должность без разрешения Афин, не хотевших в это время раздражать Персию. Он реорганизовал египетскую армию, прекрасно обучил ее и превратил Дельту в сильную укрепленную крепость, в то время когда персы собирались у границ.
Артаксеркс II не решился атаковать, когда его встретил Кабриас. Он надавил на Афины, чтобы они отозвали полководца. Кабриас был вынужден оставить египтян, но свою работу он сделал прекрасно. Когда персы атаковали, они встретили такое мощное сопротивление, что были вынуждены отступить. Нектанеб I умер в 360 г. до н. э., правителем независимого и весьма процветающего государства.