В апелляционном суде дело рассматривалось всего неделю, после чего суд взял двухмесячный перерыв. 29 мая 1962 года было зачитано второе заключение суда — не столь объемное, как первое, но все же, напечатанное через один интервал, оно заняло пятьдесят одну страницу формата А4. Оно по всем пунктам совпадало с заключением окружного суда, а чтобы его подтвердить, судьям ни к чему были два месяца и пятьдесят одна страница текста. Заключение апелляционного суда было, по сути, отредактированным заключением суда нижней инстанции, хотя об этом нигде не говорилось. Подозрительным отличием от оригинального заключения было обнаруженное свидетельство того, что «апеллянт вообще не получал "приказов от начальства". Он был сам себе начальник, и он сам отдавал приказы, касавшиеся еврейских вопросов»; более того, он «затмил по значимости всех своих начальников, включая Мюллера». А в ответ на резонное возражение защиты, что евреи ничего не выиграли бы, если бы Эйхман вообще не существовал, суд теперь уже утверждал, что «идея "окончательного решения" еврейского вопроса никогда не напоминала бы адского зрелища содранной живьем кожи и истязаемой плоти миллионов евреев без фанатичного усердия и неутолимой жажды крови апеллянта и его подручных». Верховный суд Израиля не только принял аргументы обвинения, но и заимствовал его лексику.
В тот же день, 29 мая, президент Израиля Ицхак Бен-Цви получил прошение Эйхмана о помиловании — четыре написанных («при участии моего адвоката») от руки страницы с письмами его жены и семьи в Линце. Президент также получил сотни писем и телеграмм со всего мира с просьбой проявить милосердие; самыми выдающимися среди отправителей были
Центральный совет американских раввинов, представительный орган реформистского иудаизма в США, и группа профессоров Еврейского университета в Иерусалиме, который возглавлял Мартин Бубер. Этот ученый с самого начала был против процесса, и вот теперь он уговаривал Бен-Гуриона быть великодушным. Господин Бен-Цви отклонил все ходатайства 31 мая, два дня спустя после того, как Верховный суд вынес свое заключение, а несколькими часами позже в тот же день — это был четверг — незадолго до полуночи Эйхман был повешен, его тело кремировано, а прах развеян над Средиземным морем за пределами территориальных вод Израиля.
Скорость, с которой смертный приговор привели в исполнение, была поразительной, даже если принять во внимание, что вечер четверга представлялся последним удобным случаем до следующего понедельника, так как пятница, суббота и воскресенье — религиозные праздники каждой из трех доминирующих конфессий страны. Приговор был приведен в исполнение менее чем через два часа после того, как Эйхману сообщили, что его апелляция о помиловании отклонена; у него даже не было времени для последней трапезы. Объяснение может быть найдено в двух последних попытках доктора Сервациуса спасти своего клиента — он подал ходатайство в суд Западной Германии с просьбой надавить на правительство, чтобы оно потребовало экстрадиции Эйхмана, и с угрозой применить статью 25 Конвенции о защите прав человека и фундаментальных свобод. Последний шаг был безнадежным в любом случае, так как Израиль не присоединился к конвенции, которая была принята в Риме в 1953 году при содействии Комиссии по правам человека Совета Европы.
Западная Германия и все другие страны Западной Европы, кроме Франции, подписали римскую конвенцию.
Ни доктора Сервациуса, ни его помощника не было в Израиле, когда просьбу Эйхмана о помиловании отклонили, а правительство Израиля, по-видимому, хотело закрыть дело, которое продолжалось два года, прежде чем приговоренный успеет подать ходатайство об отсрочке исполнения смертной казни.