Прибывшая в Шартр представительная делегация парижан, уверявшая его в своей лояльности, вместе с тем пыталась оправдать восстание некой предполагаемой угрозой для римской католической церкви и якобы имевшим место вероломством герцога Эпернона. Они предлагали от имени Лиги торжественное примирение, которое и состоялось к великой радости Екатерины. Не чувствуя себя достаточно сильным, король счел разумным пойти на соглашение. Своим оппонентам Генрих III ответил, что ни один монарх на свете не желает сильнее, чем он, окончательного искоренения ереси и обеспечения благоденствия своему народу. Казалось, ничто не препятствовало примирению, и вскоре был согласован, а 21 июля 1588 года, уже в Руане, подписан королем так называемый «Эдикт единения», удовлетворявший основные требования Лиги: амнистия парижским мятежникам, искоренение ереси, признание кардинала Бурбона своим наследником и назначение Генриха Гиза генеральным наместником королевства. Вскоре после этого Генрих III пожертвовал и Эперноном, назначив на должность губернатора Нормандии герцога Монпансье. На 15 августа 1588 года было намечено собрание Генеральных штатов. «Эдикту единения» суждено было стать последним политическим актом, свершившимся при активном участии Екатерины Медичи.
Королева-мать в очередной раз обманулась, полагая, что действительно достигнуто единение, которое позволит ее сыну сохранить высокое положение католического, «христианнейшего» короля Франции. Она более, чем кто-либо иной, готова была обманываться, когда речь шла о замирении и прекращении или недопущении кровопролития. Что же касается Генриха III, то он, оказавшись в чрезвычайно трудном положении, разыграл в Шартре, дабы обмануть всех, включая и мать, комедию примирения с Гизом, давно уже замыслив совсем иное. А ведь церемония примирения получилась воистину трогательной: король поднял герцога, преклонившего перед ним колена, обнял его и повел на торжественный банкет, во время которого провозгласил в его честь здравицу. Екатерина была на седьмом небе от счастья. Герцог мог думать, что король признает его фактическую власть, как сам он признает авторитет короля. И тем не менее, когда Генриху III предложили возвратиться в Париж вместе с Гизом и делегацией парижан, он отказался, заявив, что намерен отправиться в Блуа, где в ближайшее время соберутся Генеральные штаты. Слово короля — закон, и за ним последовал весь двор, включая Гиза и королеву-мать.
По прибытии в Блуа Генрих III, видимо, ободренный тем, как послушно последовали за ним подданные (а не он за ними), решил, что пора кончать притворство. Первым дело он, как уже бывало не раз, «отблагодарил» свою мать, уволив из королевского совета восемь человек, наиболее преданных ей и служивших инструментом ее политики. На замену им пришли люди, по своим деловым качествам не выдерживавшие никакого сравнения с уволенными, зато преданные лично ему. Двор был шокирован столь демонстративным разрывом с политикой королевы-матери. Потрясение, пережитое Екатериной, было столь велико, что она даже внешне переменилась — разумеется, не к лучшему. Поступок короля был настолько скандальным, что даже папский легат поинтересовался у него причинами произведенного им переворота. Генрих III сухо ответил, что ему уже 37 лет и он намерен править самостоятельно ради достижения наилучшего результата. И вправду, оставалось уже недолго ждать результатов «нового курса» бесталанного короля...
16 октября 1588 года в Блуа состоялось со всей подобающей такому событию пышностью открытие сессии Генеральных штатов. Генрих III, упиваясь своим королевским величием, произнес при открытии замечательную речь, в которой посвятил немало льстивых слов своей столь грубо отставленной от дел матери, желая не столько утешить, сколько окончательно утопить ее в потоке славословия. Екатерина при этом величественно восседала под балдахином, украшенным лилиями, справа от короля-оратора, ничем не выдавая своих чувств. В своем выступлении Генрих III заявил также о приверженности католической церкви и о намерении не допустить к наследованию королевского престола Франции любого заподозренного в ереси. Он заранее соглашался на принятие законов, которые обеспечили бы мир в королевстве и позволили бы успешно справиться с бедственным положением народа, бороться с беспорядками и коррупцией. Депутаты доброжелательно внимали королю — до тех пор, пока он не перешел к Лиге и лично Гизам, прямо обвинив их в подстрекательстве к мятежу.