Кроме развлечений с товарищами, король был занят борьбой с членами семьи. Он хотел искоренить угрозу, исходившую от когда-то дружного кружка Марго, Генриха Наваррского и Алансона, а также подорвать их доверие друг к другу. Когда доходило до козней, тут Генриху не было равных. С помощью миньонов, больше всего любивших являться к королю и забивать его голову глупыми и злобными выдумками, он взялся разделять членов семьи, чтобы властвовать над ними. Живя в Польше, Генрих попытался было восстановить отношения с Марго, но, после его предательства в злополучной истории с Генрихом де Гизом, когда принцесса получила жестокие побои от матери и Карла, Марго поклялась «вовеки не забывать о его [Генриха] подлости». Ее любовь и защита были нужны Алансону. Нелюбимая матерью, она дорожила привязанностью младшего брата и его вниманием и решила «любить и принимать всерьез все, что касается его». После отъезда Генриха в Польшу она сделала интересы Алансона своими собственными. К несчастью, попытка сыграть материнскую роль для неудачного претендента в короли провалилась, и Марго обнаружила, сколь высокую цену придется заплатить за поддержку непутевого брата.
Вскоре после прибытия в Лион Генрих III заподозрил, что Марго встречается с любовником под предлогом посещения аббатства, неподалеку от дома предполагаемого поклонника. Вскоре Генрих Наваррский предупредил Марго о подозрениях короля, а Генриха уговорил отослать сестру. Марго клялась, что ее несправедливо обвинили, но муж, всегда защищавший жену, убедил ее, что сейчас ей лучше всего отправиться к матери и брату. Он посоветовал ей стойко защищаться. Внезапно всплыло на поверхность, что скандал был подстроен одним из королевских миньонов, которого заставили взять свои обвинения обратно. Однако Екатерина отказалась выслушать объяснения Марго и кричала на дочь так громко, что все придворные могли это слышать. Даже когда правда выяснилась, Екатерина все твердила, что «король не мог ошибиться», и обращалась с дочерью весьма холодно. Не извинившись, она заявила, что король пожелал примириться с сестрой. Генрих Наваррский благородно поддерживал жену, пока бушевала вся эта буря; Алансон же подошел к супругам, обнял их и сказал, что им следует держаться всем вместе, несмотря на происки братца Генриха.
Затем прошел еще более нелепый слух, будто Марго попала под дурное влияние одной из своих дам, г-жи де Ториньи, дочери маршала Матиньона, и предалась с нею лесбийской любви. Братец Генрих настоял на том, чтобы эту женщину отослали прочь, дабы она не развращала более его сестру. Так Марго утратила одну из близких подруг, ибо у ее мужа не оставалось иного выбора, как подчиниться воле короля. Фаворит Генриха, Луи дю Гаст, особенно невзлюбил Марго и стал ее главным врагом. Браткороль пытался заставить ее проявить к миньону сердечность и принимать его учтиво, она с негодованием отказывалась, видя в нем врага и обращаясь с ним насмешливо и презрительно. Это взбесило дю Гаста, который решил отомстить. Он доложил Генриху и Екатерине, что у Марго любовная интрига с известным придворным донжуаном, Бюсси д'Амбуазом, приближенным Алансона.
Екатерина, занятая государственными делами, к тому времени успела устать от бесконечных наветов, дающих Генриху повод заниматься делами, весьма далекими от управления государством, и на очередную сплетню отказалась реагировать. Король и дю Гаст решили разобраться во всем сами, наняв банду убийц для нападения на молодого кавалера, когда тот покидал ночью Лувр. Несмотря на неожиданность нападения и многочисленность убийц, д'Амбуаз сумел ускользнуть. Понятно, что после этого испросил разрешения оставить двор по состоянию здоровья — предлог вполне правдивый в данных обстоятельствах.
Затем Генрих попытался стравить Генриха Наваррского и Алансона, спровоцировав между ними раздор из-за любовницы Наваррского, красавицы Шарлотты де Бонн, баронессы де Сов. Шарлотта входила в число фрейлин летучего эскадрона Екатерины, и ее поведение служило отличной иллюстрацией к тому, как великолепно эти дамы помогали осуществлению замыслов королевы-матери. Наваррский сумел выжить в чрезвычайно жестких условиях, прежде всего, благодаря тому, что сохранял способность здраво оценивать ситуацию. Однако когда дело касалось красивых женщин, молодой король терял голову. Красавица пленила и Наваррского, и Алансона — естественно, между ними начались трения. Марго вспоминает, что Генрих III, а возможно, и Екатерина, заставили прелестницу дразнить обоих кавалеров. «Она обращалась с ними так, чтобы они постоянно ревновали друг друга… и при этом забывали свои амбиции, обязанности и планы, думая только об этой женщине».
Двор больше не являлся ареной грандиозных политических махинаций; под властью Генриха он превратился в кузницу мелких страстишек, где драмы разыгрывались при помощи кинжалов, яда и наушничества. Это происходило не только между вождями группировок, но и между их слугами. Генрих Наваррский писал другу, Жану де Миоссану, о грозивших ему при дворе опасностях: