К началу мая Екатерина пришла к выводу, что король должен все же прийти к каким-то соглашениям с Лигой и Гизами. Надеясь, что сумеет избежать выполнения условий (как ранее не выполнялись договора с протестантами), он легко пошел на подписание мира при Немуре 7 июля 1585 года. В широком смысле он отменил все прежние эдикты умиротворения и запрещал протестантизм во Франции. Соответственно, будучи еретиком, Генрих Наваррский лишался права наследования трона, а многие его города передавались Лиге (или преданным союзникам Гиза). Когда Генрих Наваррский получил условия договора, по рассказам, усы его в одну ночь поседели. Теперь ему снова предстояло отстаивать свои права и права собратьев по религии с оружием в руках.
Новый законный наследник, кардинал де Бурбон, старый друг, которого Екатерина любила, осыпал королеву — мать цветистыми комплиментами. Он восхищался ее дальновидностью, повторяя, что «без этой великодушной и великой дамы королевство развалилось бы на куски». Воркование прожженного хитреца и общие фразы ни о чем вызывали у Екатерины головную боль. Но она хранила молчание. Когда, после трех месяцев борьбы, в результате которой представители Лиги одержали внушительную победу, королева-мать 15 июля вернулась в Париж, народ встречал ее у ворот Сент-Антуан как героиню, спасшую королевство от ереси. Горожане радовались тому, что король отныне сможет править так, как должно. Однако реальность показала иное.
На заседании судебной коллегии 18 июля Екатерина слышала, как ее сын официально отстранил Генриха Наваррского от наследования престола. Это противоречило всему, во что Генрих III верил как король. К тому же ничто в содержании данной им коронационной присяги не давало права лишить власти его законного преемника. Это противоречило и личным чувствам короля. Он ненавидел Анри де Гиза с отрочества, а особенно с тех пор, как тот пытался соблазнить Марго. Кроме того, у него вызывали острую зависть здоровье Гиза, его мужественность, харизма и таланты полководца. С другой стороны, Генрих Наваррский наследовал трон по закону, к тому же Генрих, как и его брат Карл в свое время, не мог не восхищаться храбрым и честным принцем-воином. Наваррский-кузен не вызывал в короле зависти, только симпатию. А Гиз — вызывал. Но теперь войска короля объединились с войсками Лиги, и ему приходилось сражаться бок о бок со злейшим врагом.
В сентябре 1585 года папа Сикст V издал буллу об отлучении от церкви Наваррского и Конде, запретив протестантским принцам наследовать французский трон. Генрих Наваррский ответил немедленным (и довольно дерзким) объявлением папы вне закона, устроив так, чтобы плакаты с этой информацией расклеили повсюду на стенах Рима. Папская булла лишь разожгла возмущение среди французской знати, которая ревниво не желала допускать римского вмешательства в свои внутренние дела. Они решили — это возмутительно. То, что папа осмелился предписывать, кому следует и кому не следует носить французскую корону, воспринималось как глубокое оскорбление. Так что Генрих Наваррский нечаянно получил некоторое преимущество: его теперь воспринимали как своеобразного Давида, осмелившегося бросить вызов великану Риму-Голиафу.
Война трех Генрихов (Валуа, Гиза и Наваррского) должна рассматриваться как сложный и очень личный конфликт мировоззрений, амбиций между упомянутыми троими. Вначале стычки между католиками и протестантами были спорадическими. Король, страдая от ужасной нехватки средств, пообещал Лиге собрать три армии против гугенотов к следующему лету. Герцог де Жуайез отправился в Оверни, Эпернон — в Прованс, а маршал Бирон — в Сентонж, каждый во главе своей армии. В июле 1586 года король выехал в Лион, чтобы не расставаться со своими фаворитами.