И вновь протестанты неверно истолковали жест поддержки от королевы-матери. Они стали вести себя еще более дерзко, открыто исповедуя новую религию, и усилили опасения католиков акциями, наносившими ущерб имуществу церкви. Гугеноты разбивали статуи святых, выкидывали на улицу иконы и совершали прочие кощунства. Это не могло не беспокоить Екатерину. Стремясь понять приверженцев новой религии и достичь согласия с наиболее умеренными из них, а также стараясь предотвратить оскорбление католической церкви, королева признавала, что сами по себе верования ее не особенно заботили. Она лишь желала найти способ разобраться с теми явлениями, которые разделили ее народ на непримиримо враждующие партии. Екатерина осталась бы вне религиозной борьбы, если бы это помогло сохранить корону на голове ее сына и единство королевства. Ее умеренность была пропорциональна пониманию политической целесообразности, не более того. К несчастью, ее противники как будто закрывали глаза на этот факт.
Затем королеве пришлось столкнуться с кратковременной, но серьезной опасностью, когда Антуан де Бурбон, подстрекаемый сподвижниками из Генеральных штатов, сделал жалкую попытку вернуть себе столь бездарно утраченное регентство. Вначале он потребовал удалить от двора Франсуа де Гиза. Екатерина в гневе велела ему объясниться. Монморанси и его племянники объявили, что удалятся вместе с Бурбоном, если она не прогонит Гиза, чего королева делать вовсе не собиралась, по крайней мере пока он являлся главнокомандующим армией. Екатерина вызвала коннетабля к королю. Мальчуган, по подсказке матери, попросил коннетабля остаться при дворе. Преданность монархии была в старом служаке столь велика, что он отказался уезжать. Бурбон вынужден был удалиться один, как всегда утратив выдержку. Отказавшись от всех притязаний на регентство, он официально получил звание королевского наместника Франции. Конде был полностью прощен, и ему пообещали «все, что составляет честь принца крови», включая кресло на королевском совете. Теперь никто не мог одолеть Екатерину. Когда Штаты собрались, Екатерина была утверждена в должности «Правительницы», хотя денег так и не собрала. Несмотря на все политические достижения королевы, казна по-прежнему зияла пустотой.
Екатерина сумела пережить заседание Генеральных штатов, но все же понимала: единство королевства гарантировано сдерживанием в узде самых влиятельных представителей знати. Из Фонтенбло, куда она и двор переехали на Пасху, она пишет полное недомолвок письмо в Испанию, своему послу: «Принимая во внимание, как трудно устроить этот фарс со многими участниками, дабы никто не выглядел злодеем, как много людских умов движимы разнообразнейшими страстями, переполняющими мир, можно опасаться чего угодно, поскольку столь резкая и внезапная перемена, боюсь, будет принята не сразу и не всеми, и в первую очередь не теми, кто удерживал здесь в последнее время главенствующие позиции…»
Она продолжает рассказ о том, как ловко избавилась от Антуана де Бурбона: «Позиция, которую занимает король Наваррский [Бурбон], ниже моей, он в моем распоряжении, а ведь я ничего не сделала для него или для других принцев крови… кроме как по принуждению или по необходимости. И все же я одержала над ним верх, избавилась от него и сделала с ним то, что мне было по душе». Но могла ли Екатерина рассчитывать на человека, который, как заметил один наблюдатель, «достаточно фриволен, чтобы носить кольца на пальцах и серьги, словно женщина, несмотря на возраст и седые волосы? Далее тот же автор добавляет: «По всем важным вопросам он следует совету своих лизоблюдов и ветреных персон… и я могу заверить, что в отношении религии он не выказывает ни твердости, ни мудрости».
Монморанси, хотя и торжествовал, видя, как его враги лишаются власти, оставался не менее убежденным католиком, чем они, и боялся, как бы Екатеринины послабления новой религии не привели к полной свободе вероисповедания. Не находил он утешения и в Роморантенском эдикте (зарегистрированном 28 января 1561 года), который Екатерина пыталась протащить весь предыдущий год и который был призван смягчить ситуацию с протестантами. По его условиям, «узники совести» освобождались и, кроме оставшихся в живых вождей восстаний, даже приговоренные к смерти участники Амбуазского заговора получили прощение. Это не понравилось зятю Екатерины, Филиппу Испанскому, который еще раньше, в январе, так наставлял своего эмиссара:
«Относительно религиозных вопросов: вы должны говорить с королевой Екатериной очень четко и откровенно, заклиная ее соблюдать величайшую осторожность и бдительность; она не должна допустить, чтобы новшества, кои возникли в ее королевстве, развивались далее. Также она не должна поощрять ни в коей мере и не допускать к себе тех, кто не так тверд в вере, как подобает».