Еще в марте 1585 года, когда создание Священной Лиги только началось, Марго вызвала сенсацию, покинув Нерак, очевидно, в знак протеста против последней связи мужа с честолюбивой знатной молодой вдовой по имени Диана д'Андуэн (по прозвищу «Прекрасная Коризанда»). Она обладала не только тем же именем, что и ненавистная соперница Екатерины, ныне покойная Диана де Пуатье, но также и холодной элегантностью тезки. Ее изысканная, ледяная красота и чувство превосходства унижали Марго. Мало того, та задумала изгнать супругу своего любовника и самой стать королевой Наваррской. Это было уже слишком для принцессы рода Валуа, которая, желая отомстить, попыталась при помощи секретаря отравить мужа. Когда попытка провалилась, она взяла пистолет и выстрелила в короля, но промахнулась. Король Наваррский разгневался так, что Марго сбежала от греха подальше и обрела пристанище в собственном городке Ажен. Для своей защиты она начала собирать войска и, как считают, тайно вступила в сношения с Лигой. Марго обратилась к матери за деньгами. Екатерина откликнулась с сочувствием к дочери; она жаловалась, что Марго «впала в крайнюю нужду» и даже «не имеет денег на пропитание». Вильруа получил приказ доставить Марго деньги. А ведь совсем незадолго до описываемых событий Екатерина называла дочь и зятя лучшей парой на земле!
Но чувства Екатерины подверглись жестокому испытанию, когда она услышала, что Марго пишет бывшему зятю, вдовому герцогу Лотарингскому, прося его взять ее под защиту. Это воззвание, а также ее сочувствие — если не открытая поддержка — в отношении Лиги, враждебной ее мужу и брату, поставили Марго на грань краха. Прекрасная принцесса уже давно мало-помалу растрачивала свою честь на скандальные похождения, открытые любовные интриги и поддержку авантюрных замыслов покойного брата, но теперь Маргарита Наваррская была полностью скомпрометирована. Муж считал, что ей нельзя более доверять, ибо репутация ее запятнана, того же мнения придерживался и король, ее брат. Взбешенная последней выходкой дочери, Екатерина называла ее «бременем, посланным мне Господом в наказание за грехи». Вскоре Марго была изгнана из Ажена маршалом Матиньоном, действующим по приказу короля, при поддержке населения, которому успела осточертеть. Она пыталась строить в городе фортификационные сооружения и организовать независимое владение, но недостаток денег и отсутствие такта в обращении с горожанами сделали ее затею напрасной. Тогда она направилась в одно из своих имений, где ее сторонник, Франсуа де Линьерак, наместник Верхней Оверни, предложил ей свою защиту.
Эту неприступную крепость, расположенную высоко в горах, было нелегко захватить; но жить в ней было еще тяжелее. Жилые помещения крепости внутри фортификационных стен лежали в развалинах. Средневековый редут сильно отличался от красот Блуа или Фонтенбло, где Марго диктовала моду, танцевала и была звездой двора. Несмотря на то, что дочь впала в немилость, Екатерина предложила ей поселиться в Ибуазе, близ Иссуара, но королева Наваррская знала: это предложение означает опеку со стороны матери и контроль ненавистного братца. Она отклонила предложение, написав Екатерине: «Господь помогает мне, я ни в чем не нуждаюсь, ибо нахожусь в очень хорошем месте, принадлежащем мне, в окружении славных людей». Она добавила также, что должна защищать себя, «дабы не попасть в руки тех, кто охотится за моей жизнью, моим добром и моей честью». В течение года, проведенного в глубинке, Марго страстно привязалась к выходцу из захудалого дворянского рода, Жану де Ларту де Галар, сеньору д'Обиак. Как только этот молодой красавец положил глаз на королеву, то сразу объявил друзьям, что станет спать с ней, даже если его повесят за это.
Осенью 1586 года, с отвращением услышав о романе Марго с д'Обиаком, означавшем, что ее дочь отныне — падшая женщина, Екатерина посоветовала Генриху «взять это гнусное создание» под стражу, пока та «снова не навлекла на нас позор». В данном случае король в подсказках не нуждался: он уже отдал необходимые распоряжения относительно сестры. 13 октября 1586 года Марго была арестована маркизом де Канильяком, губернатором Верхней Оверни, и увезена сперва в Ибуаз, а затем в укрепленную цитадель, замок Юссон, где ее держали узницей. Некогда Людовик XI очень любил помещать в этот замок политических узников, и те, кто попадал туда, редко снова видели белый свет. Король также приказал, чтобы в письмах или документах Марго больше не именовали «его возлюбленной или дорогой сестрой». Что же до Обиака, то, как он и предвидел, ему пришлось заплатить жизнью за любовную интригу с блистательной и магнетически притягательной дамой. Хотя Генрих и писал Вильруа, что «королева, моя мать, желает, чтобы я повесил Обиака [sic] в присутствии этого несчастного создания [Марго] во дворе Юссона», к счастью для королевы Наваррской, ее пощадили, и ее любовник был предан смерти в Эгперсе, без стечения зрителей.